Το ΚΚΕ διέγραψε το 1945 τον Αρη Βελουχιώτη εξαιτίας της αντίθεσης του «Αρχηγού των Ατάκτων», με την συμφωνία της Βάρκιζας, που σήμαινε και την διάλυση του ΕΛΑΣ.
Ο στρατηγός Στ. Σαράφης γράφει σχετικά:
«Οταν ετοιμάστηκε η διαταγή, κάλεσα τον Αρη να την υπογράψουμε, αλλά αρνήθηκε λέγοντας πως δεν ήταν ανάγκη να υπογράψει και αυτός και πως έφθανε η δική μου υπογραφή.
Γνωρίζοντας ότι ήταν κατά της εφαρμογής της συμφωνίας και ότι θα παρουσιαζόταν πως αυτός είχε τη σωστή γνώμη και γραμμή, του δήλωσα κατηγορηματικά ότι αν δεν υπέγραφε, τότε κι εγώ δεν θα υπέγραφα.
Του ζήτησα δε να αποταθεί στο κόμμα που ανήκε και να ζητήσει τις αποφάσεις του. Την ίδια μέρα ο Αρης μού ανακοίνωσε ότι θα υπέγραφε τη διαταγή.
Ετσι εκδώσαμε τη διαταγή που καθόριζε την έναρξη της αποστράτευσης στις 15 του Φλεβάρη»
Δύο ημέρες μετά την υπογραφή της Βάρκιζας ο Αρης στέλνει ένα υπόμνημα προς το Π.Γ. της Κ.Ε. του ΚΚΕ. Σ’ αυτό διατυπώνει την διαφωνία του με την συμφωνία της Βάρκιζας, γράφει οτι είναι ακατανόητη για τους αντάρτες του ΕΛΑΣ και τα μέλη του ΚΚΕ και σημειώνει για τον εαυτό του:
«Παίρνω παράδειγμα τον εαυτό μου και το λέω με ειλικρίνεια. Σ’ όποια δουλειά κι αν με βάλετε δε θ’ αποδώσω ποτέ όσα σε στρατό και πόλεμο. Αλλωστε, τώρα είναι και έξω από την όρεξή μου καθετί άλλο»
Γι αυτό άλλωστε και επιχείρησε να ανασυγκροτήσει το ΕΑΜ και να φτιάξει ένα νέο μέτωπο, το οποίο το ονόμασε Μέτωπο Εθνικής Ανεξαρτησίας (ΜΕΑ).
Επίσης επιχείρησε να ανασυγκροτήσει τον ΕΛΑΣ φτιάχνοντας τον νέο ΕΛΑΣ ή «ΕΛΑΣ-Ν», όπως τον ονόμασε. Μαζί με τους συντρόφους του που τον ακολούθησαν συνέταξε «Προγραμματικές θέσεις» και «Διακήρυξη» του ΜΕΑ, ενώ στον ΕΛΑΣ-Ν υπήρχε κείμενο όρκου και διαδικασία ορκωμοσίας.
Τα κείμενα αυτά ποτέ δεν εκτυπώθηκαν και ποτέ δεν διακινήθηκαν μεταξύ των ανταρτών. Εγιναν γνωστά σε έναν πολύ στενό κύκλο.
Το ΜΕΑ ποτέ δεν πήρε σάρκα και οστά και ο ΕΛΑΣ-Ν σε όλη τη διάρκειά του παρέμεινε ένα πολύ μικρό αντάρτικο σχήμα πιστών συντρόφων του Αρη.
Οπως γράφει ο Γρ. Φαράκος, τα πρακτικά ορκωμοσίας ανταρτών στον Νέο ΕΛΑΣ αναφέρουν 92 άτομα.
Η στιγμή της ρήξης θα έρθει όταν ο Αρης που είχε διαφύγει στην Αλβανία γυρίζει στην Ελλάδα και κατευθύνεται προς τη νότια Ελλάδα. Ηταν η κίνηση που ξεχείλισε το ποτήρι.
Το ΚΚΕ κατήγγειλε τη στάση του με δήλωση του Ν. Ζαχαριάδη- εξ ονόματος της Κ.Ε. του Κόμματος- η οποία δημοσιεύτηκε στον «Ριζοσπάστη» στις 12-6-1945.
«Ο σ. Ζαχαριάδης μας ανεκοίνωσε ότι η Κεντρική Επιτροπή του ΚΚΕ, αφού συζήτησε πάνω σε εκθέσεις που ήρθαν από διάφορες κομματικές οργανώσεις, αποφάσισε να καταγγείλει ανοικτά την ύποπτη και τυχοδιωκτική δράση του Αρη Βελουχιώτη (Θανάση Κλάρα ή Μιζέρια).
»Ο Βελουχιώτης, και ύστερα από τη σύναψη της συμφωνίας της Βάρκιζας, συνέχισε τη δράση του.
Η δράση αυτή, που μονάχα την αντίδραση μπορούσε να εξυπηρετήσει, γιατί της έδινε όπλα για να χτυπά το ΚΚΕ, να παραβιάζει τη συμφωνία της Βάρκιζας και να δικαιολογεί τα εγκλήματά της, δεν επιτρέπει πια καμιά καθυστέρηση για την ανοικτή καταγγελία του Αρη Βελουχιώτη.
Οπως είνε γνωστό, ο Βελουχιώτης (Θανάσης Κλάρας) στον καιρό της δικτατορίας του Μεταξά είχε πιαστεί και είχε κάνει δήλωση μετάνοιας και αποκήρυξης του ΚΚΕ».
Τέσσερις ημέρες αργότερα, στις 16-6-1945 δημοσιεύτηκε στον «Ριζοσπάστη» η απόφαση για την διαγραφή του Αρη η οποία έχει ως εξής:
«Το Πολιτικό Γραφείο ενέκρινε τη δημοσίευση στο Ριζοσπάστη της απόφασης της 11ης Ολομέλειας της Κεντρικής Επιτροπής (σ.σ. συνήλθε αρχές Απρίλη του 1945) για τον Αρη Βελουχιώτη (Θανάση Κλάρα ή Μιζέρια).
Ο Κλάρας, αφού μια φορά πρόδωσε και αποκήρυξε το ΚΚΕ γιατί λύγισε μπροστά στην τρομοκρατία του Μανιαδάκη, ξαναζήτησε στον καιρό του εθνικοαπελευθερωτικού αγώνα να ξαναγοράσει με το αίμα του την προδοσία του εκείνη που αναγνώρισε και καταδίκασε.
Το ΚΚΕ του έδωσε τη δυνατότητα αυτή. Σήμερα όμως, σε μια δύσκολη και κρίσιμη στιγμή, από δειλία και φόβο, παρά τις υποσχέσεις και τη συμφωνία που στα λόγια έδειξε, απειθαρχεί πάλι, ξαναπροδίνει το ΚΚΕ με την τυχοδιωκτική και ύποπτη δράση του, που μονάχα τον εχθρό ωφελεί.
Στο ΚΚΕ δεν έχει θέση κανένας, οσοδήποτε ψηλά κι αν στέκει και οσοδήποτε μεγάλος κι αν είνε, όταν οι πράξεις του δε συμβιβάζονται με το κοινό συμφέρον και όταν παραβιάζεται η δημοκρατική εσωκομματική πειθαρχία»
Την ημέρα που δημοσιεύτηκε η απόφαση της διαγραφής του, ο Αρης είχε ήδη δώσει τέλος στη ζωή του. Στον θάνατο τον ακολούθησε και ο πιστός του αντάρτης ο Τζαβέλας.
Οι διώκτες τους αποκεφάλισαν τους δύο νεκρούς συντρόφους και κρέμασαν τα κεφάλια τους, σ' ένα φανοστάτη στα Τρίκαλ
Τρεις μέρες μετά τον θάνατό του, στις 19 Ιουνίου 1945, ο «Ριζοσπάστης» έγραφε, ανάμεσα σε άλλα, στην πρώτη του σελίδα:
«Ο τόσο τραγικός θάνατος του Αρη Βελουχιώτη προκαλεί θλίψη ανάμεσα στους πραγματικούς πατριώτες και αγωνιστές της εθνικής ιδέας.
Γιατί ανεξάρτητα από τη θέση που πήρε μετά τη συμφωνία της Βάρκιζας, θέση που αντικειμενικά εξυπηρετούσε την αντίδραση, δεν μπορεί και δεν επιτρέπεται να ξεχνάει κανείς ότι ο Αρης Βελουχιώτης ήταν ένας από τους πρωτοπόρους του αγώνα της αντίστασης, από τους πρωταθλητές για την οργάνωση του αντάρτικου κινήματος».
Το ΚΚΕ αποφάσισε να αποκαταστήσει κομματικά τον Αρη Βελουχιώτη. Η πολιτική του αποκατάσταση είχε γίνει το 2011, αλλά ο καπετάνιος του ΕΛΑΣ δεν είχε αποκατασταθεί και κομματικά. Η απόφαση ήρθε 73 χρόνια μετά.