Η ομάδα με την οποία ο Γιάννης Ιωαννίδης έκανε εξαιρετικά πράγματα στο παρκέ, αλλά δεν πανηγύρισε κάποιον τίτλο, ήταν η ΑΕΚ.
Ο «ξανθός» ανέλαβε το καλοκαίρι του 1996, στην προσπάθεια αναγέννησης της Ένωσης σε ένα άθλημα που είχε... βαλτώσει.
Στην πρώτη σεζόν στον πάγκο της ΑΕΚ, ο Ιωαννίδης επέλεξε να πλαισιώσει το ταλαντούχο ελληνικό υλικό, με τους Χατζή, Κακιούζη, Μπαρλά, Λίγγο, Τσακαλίδη και Νικολαΐδη και τους εμπειρότερους Παπαδόπουλο, Ποδαρά, με μια σειρά καλών Ευρωπαίων παικτών, όπως οι Κολντεμπέλα, Κιάτζιτς, Λάρσεν και Ατρούια. Δίπλα τους έβαλε ένα εξαιρετικό δίδυμο Αμερικανών, το οποίο συνέθεταν οι Βίκτορ Αλεξάντερ και Μπιλ Έντουαρντς.
Η ΑΕΚ, που την προηγούμενη σεζόν ήταν 10η, έχασε στην ισοβαθμία την πρωτιά της κανονικής περιόδου από τον Ολυμπιακό (21-5) και έφτασε μέχρι τους τελικούς, όπου έχασε με 3-1 από τους Πειραιώτες.
Η σεζόν 1997-98 μπορεί να μην εξελίχθηκε με ανάλογο τρόπο εντός Ελλάδος, καθώς τερμάτισε 4η, ωστόσο η ΑΕΚ έφτασε μέχρι τον τελικό του Κυπέλλου Πρωταθλητριών, όπου ηττήθηκε από τη Βίρτους Μπολόνια, στον τελευταίο ευρωπαϊκό τελικό του Γιάννη Ιωαννίδη.
Η Ένωση έχασε και στον τελικό Κυπέλλου από τον Άρη, αλλά ο Γιάννης Ιωαννίδης είχε καταφέρει ήδη να βάλει την ομάδα στις «ράγες» του πρωταθλητισμού. Κάτι που αναγνώρισε η ΚΑΕ ΑΕΚ με ανάρτησή της στα social media.
Η ανάρτηση της ΚΑΕ ΑΕΚ για τον Γιάννη Ιωαννίδη:
Ο Χάρος βγήκε παγανιά… Και πήρε μαζί του ο τρισκατάρατος ακόμη έναν μεγάλο…
Σε ηλικία 78 ετών.
Κι αφού τα τελευταία χρόνια πάλευε και έδινε μάχες (ζωής) απέναντι σε σοβαρότατα προβλήματα υγείας.
Ο θρυλικός προπονητής, που δεν πήρε τρόπαιο με την ΑΕΚ, αλλά έσπειρε το σπόρο για τις μελλοντικές επιτυχίες της σύγχρονης εποχής, αλλάζοντας τη μοίρα της. Η διετία 1996-1998 της πρώτης αναγέννησης της «Βασίλισσας» φέρει φαρδιά πλατιά την υπογραφή του.
Η «Βαρκελώνη 1998», ήτοι το Φάιναλ Φορ Ευρωλίγκας με αντιπάλους την Μπενετόν και την Κίντερ, έχει δικαίως θέση πολύ ψηλά, και λίγο μόλις κάτω από τα 17 τιμημένα τρόπαια της ενδόξου Ιστορίας μας.
Ο «Ξανθεός» -κατά ιερή παράφραση του λεξιπλάστη, «Πατριάρχη» του ρεπορτάζ της ΑΕΚ, Φαίδωνα Κωνσταντουδάκη- δεν είναι πλέον μαζί μας.
Το ελληνικό μπάσκετ πενθεί.
Η οικογένεια της ΑΕΚ BC και ο κ. Μάκης Αγγελόπουλος εκφράζουν τα θερμά τους συλλυπητήρια προς τους οικείους του, αλλά και προς την αθλητική του οικογένεια, τον Άρη Θεσσαλονίκης.
Συλλυπητήρια Μελισσανίδη για την απώλεια Ιωαννίδη
«Αντίο» στον Γιάννη Ιωαννίδη είπαν το ποδοσφαιρικό τμήμα της ΑΕΚ και ο Δημήτρης Μελισσανίδης.
«Με αληθινή οδύνη αποχαιρετώ έναν άξιο άνδρα, μια ξεχωριστή προσωπικότητα του αθλητισμού και της κοινωνίας μας, έναν μεγάλο νικητή, έναν ΦΙΛΟ. Καλό ταξίδι Γιάννη Ιωαννίδη», αναφέρει ο διοικητικός της ηγέτης της Ένωσης.
Η Ένωση σε ανάρτησή της αναφέρει: «Έφυγε από τη ζωή ο Γιάννης Ιωαννίδης, ένας από τους ΜΕΓΑΛΟΥΣ του ελληνικού μπάσκετ. Με προσφορά σαν παίκτης, προπονητής και ομοσπονδιακός τεχνικός για περισσότερα από 45 χρόνια και ενεργή συμμετοχή στην πολιτική σκηνή από το 2004 και μετά.
Μαθημένος στις μεγάλες μάχες και τις τεράστιες νίκες, έμελλε να υποστεί την τελευταία του ήττα, δυστυχώς, μακριά από τα λατρεμένα του "παρκέ"…
Όμως ο άνθρωπος φεύγει και χάνεται μόνον όταν ξεχαστεί. Και το αποτύπωμα του "ξανθού" στην κοινωνία και τον αθλητισμό θα μείνει ανεξίτηλο στο πέρασμα του χρόνου.
Η ΠΑΕ ΑΕΚ απευθύνει τα θερμά της συλλυπητήρια στη σύζυγό του Γιούλα και την λατρεμένη τους κόρη Θεοδώρα-Ελένη».