Στεγάζεται στο παραδοσιακό κυκλαδίτικο σπίτι του 19ου αιώνα που ανήκε σε θρυλικό πλοίαρχο που με το πλοίο του βοήθησε καθοριστικά τους Κρήτες στους αγώνες εναντίον των Τούρκων. Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου, ένας ξεχωριστός χώρος στα Τρία Πηγάδια φιλοξενεί την ιστορία της ελληνικής ναυτοσύνης με υποδειγματική καταγραφή, αναφορά και έκθεση. Ναι η Μύκονος προσφέρει συνεχώς ιστορικές αφηγήσεις που οφείλει ο επισκέπτης να ανακαλύψει, πέρα από τα κυρίαρχα στερεότυπα του lifestyle.
Στα εκθέματα του Μουσείου περιλαμβάνονται ομοιώματα πλοίων από την προ-Μινωϊκή περίοδο μέχρι τις αρχές του 20ού αιώνα, ιστορικά ναυτιλιακά έγγραφα, σπάνια χαρακτικά και χάρτες, αρχαία αντικείμενα, ναυτικά όργανα, εξαρτήματα και εργαλεία, καθώς και νομίσματα με ναυτικά θέματα από τον 5ο αιώνα π.Χ. έως τον 5ο αιώνα μ.Χ. Η βιβλιοθήκη του Μουσείου αποτελείται από 5.000 περίπου σπάνια βιβλία, παλαιών και νεωτέρων εκδόσεων, περιλαμβάνει αρχείο χειρογράφων και φωτογραφιών και συνεχώς εμπλουτίζεται.
Στον κήπο του Μουσείου υπάρχουν μαρμάρινα αντίγραφα επιτυμβίων στηλών με ανάγλυφες παραστάσεις από τη Δήλο και τη Μύκονο, που αναφέρονται σε ναυάγια και ναυτικούς που χάθηκαν στη θάλασσα. Εκτός των άλλων εκθεμάτων του, το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου είναι το πρώτο ελληνικό μουσείο που ανέλαβε και ολοκλήρωσε τη διάσωση και διατήρηση ζωντανών ιστορικών εκθεμάτων.
Πρόκειται για τον Φάρο «Αρμενιστή» της Μυκόνου, (κατασκευής 1890) το αιγαιοπελαγίτικο ιστιοφόρο τύπου «πέραμα» «Ευαγγελίστρια» (ναυπήγησης 1940) και το καλωδιακό ατμόπλοιο «Θαλής ο Μιλήσιος» (ναυπήγησης 1909) που το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου διέσωσε, αποκατέστησε και σήμερα λειτουργούν και πάλι με την τεχνολογία της εποχής τους. Ο Φάρος βρίσκεται στον κήπο του Μουσείου, στη Μύκονο, ενώ η "Ευαγγελίστρια" και ο "Θαλής ο Μιλήσιος" φιλοξενούνται από το Πολεμικό Ναυτικό στο Τροκαντερό, στη μαρίνα του Παλαιού Φαλήρου.
Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου είναι Κοινωφελές Ίδρυμα Ιδιωτικού Δικαίου. Ιδρύθηκε το 1983 και από το 1985 άνοιξε τις πόρτες του στη Μύκονο για το κοινό. Σκοπός του Μουσείου είναι η διατήρηση, προβολή και μελέτη της Ελληνικής ναυτικής ιστορίας και παράδοσης, και ειδικότερα η εξέλιξη και δραστηριότητα του εμπορικού πλοίου, κυρίως στoν ιστορικό χώρο του Αιγαίου. Το Δεκέμβριο του 1987 ο Ιδρυτής και Πρόεδρος του Δ.Σ., ο Μυκονιάτης Γεώργιος Δρακόπουλος, τιμήθηκε για την ίδρυση του Μουσείου με το Βραβείο της Ακαδημίας Αθηνών.
Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου στεγάζεται σε ένα παραδοσιακό κυκλαδίτικο κτήριο του 19ου αιώνα, στο κέντρο της Μυκόνου, στη θέση Τρία Πηγάδια. Το κτήριο αυτό ανήκε άλλοτε στον θρυλικό πλοίαρχο Νικόλαο Σουρμελή, ο οποίος με το εμπορικό του πλοίο "ΕΝΩΣΙΣ" βοήθησε σημαντικά τους Κρητικούς στον αγώνα τους κατά των Τούρκων.
Το Ναυτικό Μουσείο Αιγαίου συμμετέχει σε διεθνή συνέδρια, εκθέσεις και εκδηλώσεις, καθώς και στη Ναυτική Εβδομάδα. Σημαντική, επίσης, είναι η εκδοτική του δραστηριότητα σε θέματα σχετικά με τη ιστορία της ελληνικής ναυτιλίας.
*Πληροφορίες από το Υπουργείο Πολιτισμού, φωτογραφίες iefimerida.gr