Τρομακτικές θηριωδίες σημειώνονταν στην Αίγυπτο επί Μουμπάρακ, καθώς σύμφωνα με έκθεση που δημοσιεύεται στη βρετανική εφημερίδα «Guardian», ο αιγυπτιακός στρατός είχε διατάξει να χειρουργούνται οι τραυματισμένοι διαδηλωτές κατά του καθεστώτος χωρίς αναισθησία.
Για βασανιστήρια και εξαφανίσεις κατηγορείται ο αιγυπτιακός στρατός κατά την διάρκεια της εξέγερσης εναντίον του καθεστώτος του Χόσνι Μουμπάρακ το 2011 σύμφωνα με έκθεση που διέταξε να συνταχθεί ο πρόεδρος της Αιγύπτου Μοχάμεντ Μόρσι και στην οποία αναφέρεται μεταξύ άλλων ότι το ιατρικό προσωπικό και διάφοροι στρατιώτες επιτέθηκαν και τραυμάτισαν διαδηλωτές ακόμα και μέσα στο νοσοκομείο του Καΐρου.
Συγκεκριμένα, όπως περιγράφεται στο τελευταίο κεφάλαιο της έκθεσης, το στρατιωτικό νοσοκομείο Κόμπρι ελ-Κόμπα στο Κάιρο είχε μετατραπεί σε πραγματικό κολαστήριο, καθώς τον Μάιο του 2012 στρατιωτικός γιατρός διέταξε τους χειρούργους να πραγματοποιούν επεμβάσεις σε τραυματισμένους διαδηλωτές χωρίς αναισθησία και αποστειρωμένα εργαλεία. Ενας άλλος μάρτυρας αναφέρει πως οι στρατιωτικοί γιατροί και οι στρατιώτες «επιτέθηκαν σε διαδηλωτές χτυπώντας τους άγρια και προσβάλλοντας τους».
Η έκθεση αυτή, αναμένεται να προκαλέσει αναταράξεις στις σχέσεις του στρατού της Αιγύπτου με τους πολίτες, καθώς όπως δήλωσε ο Χέμπα Μοράγεφ διευθυντής της οργάνωσης Παρατηρητήριο των Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων στην Αίγυπτο «ο στρατός έλεγε πάντα ότι ήταν με το μέρος των διαδηλωτών και ότι ποτέ δεν έριξε ούτε μια σφαίρα εναντίον τους. Η έκθεση αυτή περιέχει για πρώτη φορά μια επίσημη καταδίκη του στρατού για τις ευθύνες του σε βασανιστήρια, δολοφονίες και εξαφανίσεις».