Ηταν 27 Φεβρουαρίου του 1869 όταν λειτούργησε για πρώτη φορά το πρώτο μέσο σταθερής τροχιάς στην Ελλάδα για να συνδέσει την Αθήνα με τον Πειραιά. Ο ηλεκτρικός σιδηρόδρομος, βέβαια, τότε δεν ήταν ακριβώς ο ίδιος, καθώς χρησιμοποιούσε ατμό και παρέμεινε έτσι μέχρι το 1904 όταν το δίκτυο ηλεκτροδοτήθηκε.
Πρώτοι επιβάτες ήταν τα επιφανή πρόσωπα της εποχής, η βασίλισσα Ολγα, ο πρωθυπουργός Αλέξανδρος Ζαΐμης, καθώς και υπουργοί, στρατιωτικοί και διπλωμάτες.
Μέχρι εκείνη την εποχή οι άμαξες και τα παμφορεία (τα σκεπασμένα κάρα με θέσεις επιβατών) ήταν τα μόνα μέσα συγκοινωνίας μεταξύ Αθηνών και Πειραιά, της μεγαλούπολης και του λιμανιού δηλαδή, ενώ ο ελληνικός ήταν ένας από τους πρώτους αστικούς σιδηρόδρομους στον κόσμο με το Λονδίνο, που θεωρείται το παλαιότερο σύστημα μετρό, να θέτει σε λειτουργεία τον υπόγειο μόλις έξι χρόνια νωρίτερα.
Η ατμομηχανή με έξι βαγόνια κάλυπτε τη διαδρομή των 8,5 χιλιομέτρων από το Θησείο στον Πειραιά σε περίπου 19 λεπτά. «Ο σιδηρόδρομος ήρξατο τακτικώς εργαζόμενος από της τελευταίας Παρασκευής. Η συρροή των επιβατών είναι μεγίστη. Οι πάντες δ' ομολογούσι τας μεγίστας ωφελείας, ας η κάταρξις του έργου τούτου υπισχνείται. Ευχόμεθα και αύθις, ίνα η μικρά αύτη γραμμή υπάρξει η αρχή του καθ' όλην την επικράτειαν συμπλέγματος σιδηροδρόμων», έγραφε στις 3 Μαρτίου του 1869 η εφημερίδα «Αιών».
Μεταξύ της χρονολογίας του πρώτου επίσημου δρομολογίου, το 1869, και της 16 Σεπτεμβρίου του 1904, που πραγματοποιήθηκε η ηλεκτροδότηση του Σιδηροδρόμου, μεσολάβησαν η στρώση διπλής γραμμής και η έναρξη κατασκευής σήραγγας το 1889 από το Θησείο μέχρι την Ομόνοια (Λυκούργου και Αθηνάς), όπου και ο παλιός σταθμός της Ομόνοιας, που εγκαινιάστηκε στις 17 Μαΐου του 1895. Για τη λειτουργία της γραμμής ήταν υπεύθυνη η εταιρεία «Σιδηρόδρομοι Αθηνών Πειραιώς» (ΣΑΠ), που το 1926 μετονομάστηκε σε «Ελληνικοί Ηλεκτρικοί Σιδηρόδρομοι» (ΕΗΣ) και το 1976 σε «Ηλεκτρικοί Σιδηρόδρομοι Αθηνών- Πειραιώς» (ΗΣΑΠ).
Στην πολύχρονη ιστορία του ο σιδηρόδρομος έζησε στιγμές μεγαλείου και συμφοράς. Μετέφερε σημαντικούς επισκέπτες, έδωσε το παρών στους πρώτους Ολυμπιακούς Αγώνες της Αθήνας, αλλά και τους σύγχρονους, μετέφερε στρατιώτες του πολέμου 1912-1913, βομβαρδίστηκε και επέζησε εξυπηρετώντας δισεκατομμύρια επιβάτες.