Μία λιτή ανακοίνωση στα λατινικά ήταν αρκετή για να ταράξει τα (όχι και τόσο ήρεμα) νερά της Ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας. Η ξαφνική αποχώρηση του Πάπα «για λόγους υγείας» έρχεται να προστεθεί στη μακριά λίστα με τα σκοτεινά μυστικά και τα σκάνδαλα που κρύβουν οι τοίχοι του Βατικανού τα τελευταία χρόνια.
Φεύγοντας ο Πάπας, αφήνει πίσω του ένα σοβαρό σκάνδαλο παιδεραστίας και αρκετούς εξοργισμένους μουσουλμάνους, Εβραίους και προτεστάντες που αποτελούν έμπρακτη απόδειξη ότι μάλλον δεν είχε το «αλάθητο».
Όπως αναφέρει η εφημερίδα Τα Νέα, μπορεί η επίσημη ανακοίνωση της παραίτησής του 265ου Πάπα να παρουσιάζει ως αιτία την κούραση λόγω ηλικίας και την ανάγκη του να αφιερωθεί στην προσευχή και τη λιτότητα, ωστόσο οι φήμες σχετικά με την απόφασή του αυτή οργιάζουν, ειδικά μετά την συνέντευξη Τύπου του πατέρα Λομπάρντι ο οποίος δήλωσε ότι «δεν προκύπτει ότι υπάρχει κάποια ασθένεια που να σχετίζεται με την απόφασή του αυτή.»
Ο Γιόσεφ Ράτσινγκερ ήταν ένας από τους γηραιότερους καρδινάλιους που εκλέχθηκαν ποτέ και έγινε Πάπας σε ηλικία 76 ετών. Μετά από 7 χρόνια, 10 μήνες και 9 ημέρες, ο Παπικός θρόνος θα μείνει κενός, μέχρι να ακουστεί το Habemus Papam και να βγει ο λευκός καπνός, ωστόσο όλα αυτά τα χρόνια, οι φήμες οργίαζαν για τα σκάνδαλα που μάταια προσπαθούσε το Βατικανό να κουκουλώσει.
Κυρίαρχο ήταν το μεγάλο σκάνδαλο περί παιδεραστίας στους κόλπους της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας, με τις κατηγορίες να αγγίζουν ακόμα και τον ίδιο τον ποντίφικα. Το «Ροντβαιλερ του Θεού» τηρούσε σιγή ιχθύος για το θέμα και μόνο την Κυριακή των Βαΐων του 2010 μίλησε στους πιστούς στην βασιλική του Αγίου Πέτρου δηλώνοντας ότι «τα ασήμαντα κουτσομπολιά του Τύπου» δε τον τρομάζουν, ενώ την ίδια χρονιά είχε στείλει επιστολές συγνώμης σε Ιρλανδούς που είχαν πέσει θύματα παιδεραστίας από καθολικούς ιερείς
Ένα ακόμη σκάνδαλο που ταρακούνησε το Βατικανό ήταν η διαρροή εμπιστευτικών εγγράφων του ποντίφικα από τον οικονόμο του Πάολο Γκαμπριέλε. Η υπόθεση θρησκευτικής κατασκοπείας ωστόσο, πήρε απρόσμενη τροπή με τον Πάπα να δίνει χάρη στον καταδικασθέντα οικονόμο.
Ο ποντίφικας καθ' όλη τη διάρκεια της θητείας του έμενε αμετάκλητος στις συντηρητικές του θέσεις, οι οποίες συχνά εξόργιζαν το κοινό και προκαλούσαν αντιδράσεις: Τον Σεπτέμβριο του 2006 εξόργισε τους μουσουλμάνους, αναφέροντας τη φράση του βυζαντινού Αυτοκράτορα Εμμανουήλ Β Παλαιολόγου ότι «ο Μωάμεθ έφερε μόνο κακό στον κόσμο», ενώ προκάλεσε και την οργή των προτεσταντών με ένα έγγραφο που υποβίβαζε την Εκκλησία τους σε απλές Εκκλησιαστικές κοινότητες.
Απαρατήρητο φυσικά δε θα μπορούσε να περάσει και το σκάνδαλο της άρσης του αφορισμού του καρδιναλίου Πίου ΙΒ που στον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο συνεργάστηκε με τους Ναζί και αρνήθηκε την ύπαρξη Ολοκαυτώματος, ενώ ουκ ολίγες φορές καταφέρθηκε εναντίον του γάμου των ομοφυλοφίλων και κατά των αμβλώσεων, ενώ εξόρισε στην Κόλαση τη χρήση προφυλακτικών, αγνοώντας ότι τα ποσοστά του AIDS στην Αφρική χτυπούσαν κόκκινο.
Η παραίτησή του αφήνει «ορφανό» το Βατικανό αλλά και πολλά ερωτηματικά, δίνοντας έναυσμα για καινούριες φήμες, αφού συνήθως το Παπικό αξίωμα είναι ισόβιο και η απόφασή του να εγκαταλείψει τον Παπικό θρόνο, δεν είναι απίθανο να σχετίζεται με κάποιο από τα σκάνδαλα που ταρακούνησαν το Βατικανό κατά τη διάρκεια της θητείας του.