Άκρως αποκαλυπτικός σχετικά με την άγνωστη προσωπική του ζωή ήταν ο Αλέξης Κούγιας σε συνέντευξη που παραχώρησε σε εβδομαδιαία εφημερίδα.
«Κάποτε ήμουν μαζί με μια πασίγνωστη σήμερα πολιτικό. Εκείνη έμεινε έγκυος και ήθελε να παντρευτούμε. Εγώ δεν ήθελα και χωρίσαμε». Αυτό δήλωσε ο Αλέξης Κούγιας στην εφημερίδα News σχετικά με την σχέση του με πασίγνωστη σήμερα βουλευτίνα που ήταν έγκυος στο παιδί του.
Στα πλαίσια της ίδιας συνέντευξης ο γνωστός ποινικολόγος μίλησε επίσης για τον χαμό της πρώτης του γυναίκας που κάηκε μέσα στο αυτοκίνητό της «Έχω ξεπεράσει έρωτες με την εργασιομανία. Έχω περάσει 17 χρόνια μόνος μου, χωρίς σοβαρή σχέση μετά το θάνατο της πρώτης μου γυναίκας, της Τίλντας, που την έχασα σε μικρή ηλικία, 2 1/2 μήνες μετά το γάμο μας. Είχα τύψεις επειδή είχαμε τσακωθεί όταν σκοτώθηκε και κάηκε μέσα στο αυτοκίνητο της. Έχασα 12 κιλά σε ένα μήνα».
Καθώς επίσης για τον πρώτο του μεγάλο έρωτα με την Μαριαλένα, κόρη διάσημου κονφερασιέ της εποχής Γιώργου Οικονομίδη! «Tότε που είχα το ατύχημα και ήρθα αντιμέτωπος με το θάνατο, είχα έναν μεγάλο έρωτα με την κόρη του Γιώργου Οικονομίδη, την Μαριαλένα, μια καλλονή της εποχής. Ήταν απίστευτα ερωτευμένη μαζί μου και ήμουν απίστευτα ερωτευμένος μαζί της. Είχαμε μαλώσει, λοιπόν, γιατί εγώ φλέρταρα και εκείνη ήταν πολύ τίμιο κορίτσι. Καταλαβαίνεις η ζωή μου ήταν σαν παραμύθι, ήμουν φοιτητής, στο ποδόσφαιρο ήμουν πολύ καλός, είχα ένα από τα ωραιότερα κορίτσια της εποχής Αθήνας και αγαπιόμασταν από μικρά. Παρά τα όσα της είχα κάνει, αυτή η κοπέλα μου συμπαραστάθηκε στο νοσοκομείο και ήταν μαζί μου».
Τέλος, όσον αφορά την πρώην σύζυγό του Εύη Βατίδου και το αν έχει σκεφτεί να παντρευτεί ξανά, ο Αλέξης Κούγιας επισήμανε «Σκέφτομαι να πεθάνω μέσα στα δικαστήρια όρθιος, έχοντας όλον αυτόν τον κόσμο να με περιβάλλει. Δυστυχώς και αυτός ήταν ένας λόγος που χώρισα με τη γυναίκα μου και δεν το ήξεραν πολλοί. Ήθελα μια γυναίκα να τρέχει πίσω μου. Εγώ τρέχω με ιλιγγιώδη ταχύτητα, η πρώην γυναίκα μου ήταν συντηρητική κατά βάθος. Δεν είχε κάνει ούτε μια γυμνή φωτογράφιση και μου είπε : "Σε παντρεύομαι για να φτιάξω ένα σπίτι , για να κάνουμε παιδιά". Ζήσαμε 7 χρόνια μαζί, με μια διαφορά. Έπρεπε να τρέχω στα δικαστήρια όλης της Ελλάδας και δεν ήρθε ούτε σε ένα μαζί μου. Είχα την απαίτηση να είναι δίπλα μου. (...) Η μόνη γυναίκα που σκέφτηκα να ξαναπαντρευτώ ήταν μια πανέμορφη Σέρβα, αλλά δεν μπορούσα να αγνοήσω τα παιδιά μου. Όταν είμαι μαζί τους δεν τους έχω εμφανίσει πότε κάποια γυναίκα».