Στο μικροσκόπιο της Δικαιοσύνης βρίσκεται το Κέντρο Ερευνών Προοδευτικής Πολιτικής που ίδρυσε ο πρώην υπουργός Γιάννος Παπαντωνίου τον Νοέμβριο του 2006 και στο οποίο συμμετείχε ο γνωστός οικονομολόγος Γιάννης Βαρουφάκης.
Με απάντησή του μέσω Τουίτερ ο Γιάννης Βαρουφάκης απαντά για την εμπλοκή του στο Ιδρυμα του Γιάννου Παπαντωνίου:
«Για όποιον ενδιαφέρεται: Ναι, συμμετείχα στην ιδρυτική συνάντηση του ΚΕΠΠ με πανεπιστημιακούς όπως ο Γ.Α. Μαγκάκης, Γ. Κριμπάς, Π. Κορλίρας.
Οταν κατάλαβα ότι δεν είχε σοβαρό επιστημονικό αντικείμενο (πέραν της προβολής του Γιάννου Παπαντωνίου) δεν ξαναπήγα. Αυτά!»
Σύμφωνα με πληροφορίες που δημοσιεύτηκαν την Κυριακή στο στόχαστρο των δικαστικών Αρχών μπαίνουν οι δραστηριότητες του πρώην υπουργού στον συγκεκριμένο χώρο, μετά τις τις έρευνες για τα εξοπλιστικά προγράμματα. Σύμφωνα με το δημοσίευμα της Realnews οι Αρχές θα ελέγξουν φορολογικά στοιχεία από τις δράσεις του Ιδρύματος, καθώς και την προέλευση της χρηματοδότησής του.
Το ΚΕΠΠ έχει πραγματοποιήσει από το 2006 πολλές ημερίδες, δημόσιες εκδηλώσεις και συνέδρια.
Στα ιδρυτικά μέλη του ΚΕΠΠ, όπως προκύπτει από τον ιστότοπό του βρίσκονται ο Σπύρος Τραυλός, πρώην γραμματέας της Γενικής Γραμματείας Οικονομικού Σχεδιασμού και Αμυντικών Επενδύσεων του υπουργείου Εθνικής Αμυνας, ο Κώστας Ζώρας, πρώην γενικός γραμματέας Διοίκησης και Οργάνωσης του υπουργείου Οικονομικών όταν υπουργός ήταν ο Γιάννος Παπαντωνίου, ο Παναγιώτης Κορλίρας, πρώην υποδιοικητής της Τράπεζας της Ελλάδας, και ο καθηγητής Γιάννης Βαρουφάκης.