Στην δεύτερη φάση μπαίνει το Διαχειριστικό Σχέδιο που αφορά στη σύνταξη φακέλου για την ένταξη της Σπιναλόγκας στον κατάλογο των μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO.
Το σχέδιο παραδόθηκε στον δήμαρχο Αγίου Νικολάου Δημήτρη Κουνενάκη από την ομάδα εργασίας του Τεχνικού Επιμελητηρίου Τμήμα Αν. Κρήτης
Η πρώτη φάση της σύνταξης του φακέλου για την ένταξη της Σπιναλόγκας στα μνημεία της UNESCO έχει ήδη παραδοθεί στο ΤΕΕ-ΤΑΚ και στην Περιφέρεια Κρήτης η οποία ανέλαβε να προωθήσει και να ολοκληρώσει τη σχετική διαδικασία και την υποβολή του αιτήματος σχετικά με την ένταξη της Σπιναλόγκας στον κατάλογο των μνημείων Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO.
Το σχέδιο διαχείρισης της β' φάσης αποτελεί την τελική μελέτη της ομάδας εργασίας η οποία περιλαμβάνει σειρά ενεργειών προς την κατεύθυνση της συντονισμένης και συλλογικής διαχείρισης του μνημείου.
Η ομάδα εργασίας, κατά τη διάρκεια της συνάντησης με το δήμαρχο Αγίου Νικολάου, υπογράμμισε ότι το επόμενο βήμα είναι η διαδικασία διαβούλευσης του παρόντος διαχειριστικού σχεδίου που παραδίδεται, ώστε όλα τα ζητήματα τα οποία αναλύονται και αφορούν στην προστασία και την ανάδειξη της Σπιναλόγκας να βελτιωθούν και να συμπληρωθούν, αφού πρώτα εκφραστούν οι απόψεις όλων των τοπικών φορέων.
Επεσήμαναν ακόμα ότι για να έχουμε ουσιαστικό αποτέλεσμα θα πρέπει να υπάρξει κυρίως πολιτική βούληση, υποστήριξη από όλο το νομό Λασιθίου, καθώς και συνολικά της Περιφέρειας της Κρήτης.
Στόχος του Σχεδίου Διαχείρισης είναι να δώσει οδηγίες και καλές πρακτικές για την προστασία του περιβαλλοντικού και πολιτιστικού πλούτου της Σπιναλόγκας, αλλά και της ευρύτερης περιοχής, με σκοπό την ανάδειξη των ιδιαίτερων πολιτιστικών αξιών του νησιού, τη διαφύλαξη της υλικής και άυλης κληρονομιάς του μνημείου και την προώθηση της σύμμετρης ανάπτυξης της τοπικής κοινωνίας.