Θέμα επιβίωσης θέτουν οι ακτοπλοϊκές επιχειρήσεις την εξόφληση των οφειλών από την πλευρά του Δημοσίου, καθώς αυτές ανέρχονται στα 20 εκατομμύρια ευρώ, ποσό που θεωρείται ζωτικό προκειμένου να αντιμετωπίσουν τις μεγάλες υποχρεώσεις και τις σωρευμένες ζημίες.
Σύμφωνα με τα όσα αναφέρει το kykladenews.gr λύση που επιχειρήθηκε να δοθεί από την κυβέρνηση Παπαδήμου δεν λειτούργησε και επείγει η έκδοση σχετικής εγκυκλίου αναφορικά με τις οφειλές των ακτοπλοϊκών ώστε να αποφευχθούν κατασχέσεις, αφού οι εταιρείες αδυνατούν να καταβάλουν τόσο τον ΦΠΑ όσο και τα δεδουλευμένα στους εργαζομένους που απασχολούν.
Οι οφειλές του Δημοσίου προέρχονται κυρίως από τις προβλεπόμενες αποζημιώσεις για τα δρομολόγια των άγονων γραμμών, ωστόσο για τις μικρές εταιρείες που πραγματοποιούν μόνον άγονα δρομολόγια αποτελεί μείζον πρόβλημα αφού δεν έχουν άλλες πήγες εσόδων.
Την ίδια ώρα η κρίση έχει επιφέρει σημαντικότατη πτώση στην επιβατική κίνηση, κυρίως αυτής των Σαββατοκύριακων, αφού οι έλληνες επιλέγουν -ή εξαναγκάζονται- να μείνουν στο σπίτι τους αντί να ξοδέψουν σε εισιτήρια και διαμονή. Εκτιμάται ότι μεσοσταθμικά η πτώση της επιβατικής κίνησης σε σχέση με το αντίστοιχο περσινό διάστημα είναι της τάξης του 15%-30% ανάλογα με τον προορισμό.
Παράλληλα δυσλειτουργίες, ανταγωνισμοί και αναποφασιστικότητα στα δρομολόγια έχουν οδηγήσει ακόμα και στην έλλειψη δρομολόγησης για νεότευκτο επιβατικό. Πρόκειται για το αξίας 70 εκατ. ευρώ Blue Star Patmos το οποίο η εταιρεία επιδιώκει να δρομολογήσει στη γραμμή Πειραιάς - Χίος - Μυτιλήνη, προκαλώντας την οργισμένη αντίδραση της NEL Lines.
Σύμφωνα με το Ναυτικό Επιμελητήριο της Ελλάδος που εκπόνησε μεγάλη μελέτη για το «Ακτοπλοϊκό Κόστος και Δημόσιο Όφελος», τα προεδρικά διατάγματα και οι νόμοι οι οποίοι διέπουν την λειτουργία της ακτοπλοΐας την κάνουν να λειτουργεί σαν «κλειστό επάγγελμα» με αποτέλεσμα να προσφέρει από τα ακριβότερα μεταφορικά έργα στη ΕΕ.
«Τα ακριβά εισιτήρια για επιβάτες και αυτοκίνητα όλων των τύπων έχουν καθοριστική σημασία για τις οικονομίες των νησιών διότι επιβαρύνουν άμεσα το κόστος παραγωγής αγαθών και υπηρεσιών, το οποίο με τη σειρά του δρα αποτρεπτικά στην προέλευση τουριστών και επισκεπτών από την Ελλάδα και το εξωτερικό.
Πρέπει να σημειωθεί ότι σχεδόν όλα τα καύσιμα, υλικά, προμήθειες, τρόφιμα κ.ά. μεταφέρονται στα νησιά από πλοία της ακτοπλοΐας σε φορτηγά αυτοκίνητα. Στο εισιτήριο της ακτοπλοϊκής μεταφοράς συμπεριλαμβάνεται ο ΦΠΑ. Καταβάλλεται δε και ΦΠΑ στο τιμολόγιο του μεταφορέα που περιέχει και το κόστος του ακτοπλοϊκού εισιτηρίου. Άρα το μεταφερόμενο εμπόρευμα πληρώνει δύο φορές ΦΠΑ για το θαλάσσιο σκέλος της μεταφοράς, πράγμα άδικο και αντιπαραγωγικό», αναφέρεται στη μεταξύ άλλων στη σχετική μελέτη.