Από το 2009 χρονολογείται ο πόλεμος Σαμαρά - Καμμένου όταν ο πρώτος διεκδίκησε την προεδρία της Ν.Δ.. Ο πρόεδρος των Ανεξάρτητων Ελλήνων, Πάνος Καμμένος ήταν από τα στελέχη που τάχθηκαν στο πλευρό της κυρίας Ντόρας Μπακογιάννη, συνυποψηφίας για την αρχηγία, εξαπολύοντας τότε πυρά κατά της υποψηφιότητας Σαμαρά. Ο κ. Καμμένος διατηρούσε παραδοσιακά καλές σχέσεις με την οικογένεια Μητσοτάκη, ενώ πηγές αναφέρουν ότι ακόμη και η επιλογή του για το υφυπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας το 2007, επί κυβέρνησης Καραμανλή, είχε την σφραγίδα της κυρίας Μπακογιάννη η οποία έπεισε τον τότε πρωθυπουργό να τον αξιοποιήσει στον κρίσιμο αυτό θώκο, με υπουργό Ναυτιλίας τον έτερο πολιτικό της φίλο Γιώργο Βουλγαράκη.
Το έντονο κλίμα πόλωσης που δημιουργήθηκε κατά τη διεκδίκηση για την προεδρία της Ν.Δ. και η διαφαινόμενη επικράτηση του Αντώνη Σαμαρά στην ηγεσία του κόμματος, οδήγησαν τον κ. Καμμένο να μετακινηθεί από την επιλογή του και να στηρίξει, τελικώς, τον κ. Σαμαρά. Με επιστολή του, τότε, στην προσωπική του ιστοσελίδα, τον Νοέμβριο του 2009, ο νυν πρόεδρος των Ανεξάρτητων Ελλήνων απέσυρε την υπογραφή του από τον κατάλογο των υποστηρικτών της κυρίας Μπακογιάννη και κάλεσε τους ψηφοφόρους του στη Β´ Αθήνας να επιλέξουν υποψήφιο αρχηγό κατά συνείδηση.
Σε μια δύσκολη στιγμή για τη χώρα και την παράταξη προέχει η ομοψυχία και η ενότητα, αρχές που υπηρέτησα σε όλη την πολιτική μου σταδιοδρομία. Λυπάμαι και διαφωνώ με φωνές και συμπεριφορές που έχουν σκοπό να πλήξουν ανέντιμα οποιονδήποτε από τους τρεις υποψηφίους για την αρχηγία του κόμματος και αρνούμαι να συμμετέχω σε δημόσιες αντιπαραθέσεις που πλήττουν την εικόνα της παράταξης, σημείωνε, τότε, με νόημα, ο κ. Καμμένος. Η αποχώρησή του από την ομάδα των υποστηρικτών της κυρίας Μπακογιάννη προκάλεσε αίσθηση, αφού ήταν γνωστές οι σχέσεις δεκαετιών που διατηρούσε με την οικογένεια Μητσοτάκη.
Στο πλευρό του κ. Σαμαρά, από τις 30 Νοεμβρίου 2009, ο κ. Καμμένος δεν κατόρθωσε, ωστόσο, ποτέ, να εδραιώσει μια σχέση εμπιστοσύνης και να αποκαταστήσει την πολιτική του συμμαχία με τον πρόεδρο της Ν.Δ.. Ακόμη και στην τοποθέτηση στελεχών σε καίριες κομματικές θέσεις ουδέποτε επροτάθη το όνομα του κ. Καμμένου, ο οποίος παρέμεινε αποκλεισμένος ακόμη και από την τοποθέτηση των τελευταίων τομεαρχών της Ν.Δ. τον Ιανουάριο του 2011. Ακολούθησε, έτσι, μια προσωπική πολιτική διαδρομή την οποία οι πολιτικοί του αντίπαλοι χαρακτήριζαν πολιτικό λαικισμό ενώ αποκαλούσαν τον ίδιο επικίνδυνο και δημαγωγό.
Η υπογραφή του πρώτου Μνημονίου από την κυβέρνηση Παπανδρέου τον Μάιο του 2010 βρήκε τον κ. Καμμένο με τάσεις αυτονομιστικές στο εσωτερικό της Ν.Δ.. Στις ομιλίες του στη Βουλή αλλά και στις δημόσιες παρεμβάσεις του ο κ. Καμμένος βρισκόταν πάντα πολλούς τόνους πάνω από τον κ. Σαμαρά, δίνοντας την εντύπωση ότι υποδείκνυε με τη στάση του στον πρόεδρο της Ν.Δ. μια πιό επιθετική πολιτική εναντίον της κυβέρνησης του ΠΑΣΟΚ και της οικογένειας Παπανδρέου. Είναι χαρακτηριστικό ότι το 2011 ο κ. Καμμένος είχε καταγγείλει στη Βουλή τη συμμετοχή του Αντρίκου Παπανδρέου, αδελφού του πρώην Πρωθυπουργού, στο διοικητικό συμβούλιο ελβετικής εταιρίας που επένδυε σε Συμβάσεις Ανταλλαγής Κινδύνου Αθέτησης (CDS) εις βάρος της Ελλάδας. Ο Αντρίκος Παπανδρέου με επιστολή του, τότε, δήλωσε ότι η συμμετοχή του στη συγκεκριμένη εταιρία δεν είχε καμμία σχέση με τα CDS.
Τον Νοέμβριο του 2011, όταν ο κ. Σαμαράς συναποφάσισε με τον Γιώργο Παπανδρέου να στηρίξουν κυβέρνηση εθνικής σωτηρίας με πρωθυπουργό τον Λουκά Παπαδήμο, ο Πάνος Καμμένος αρνήθηκε να δώσει ψήφο εμπιστοσύνης και διεγράφη από την κοινοβουλευτική ομάδα της Ν.Δ., αλλά όχι από το κόμμα της Ν.Δ., έπειτα από εντολή του Αντώνη Σαμαρά. Ο κύβος στις σχέσεις των δύο ανδρών είχε ριφθεί και η συνέχεια φαινόταν πλέον αναμενόμενη. Οι πολιτικές τοποθετήσεις του κ. Καμμένου γίνονται πλέον ακραίες και επιθετικές σε σχέση με τη Ν.Δ..
Χαρακτηριστικά, στη συζήτηση για τον προυπολογισμό του 2011 ο τότε βουλευτής της Ν.Δ. εξαπέλυσε μύδρους κατά ντόπιων και ξένων κέντρων, για τη δυσμενή θέση στην οποία βρέθηκε η Ελλάδα με την ένταξή της στο Μνημόνιο. Πρόκειται για γενικευμένη επίθεση με τις ευλογίες των Γερμανών και των διεθνών τοκογλύφων, υποστήριξε ο κ. Καμμένος, συμπληρώνοντας ότι η χώρα βρίσκεται υπό κατοχή, με ένα Μνημόνιο, όπως είπε, που πέρασε με αντισυνταγματικό τρόπο, καθώς παραχωρεί εθνική κυριαρχία και ψηφίστηκε με κάτω από 180 βουλευτές. Πιστός στην εθνική του ατζέντα, ο Πάνος Καμμένος δήλωσε σε εκείνη την ομιλία του στη βουλή ότι γίνεται προσπάθεια αυτονόμησης της Δυτικής Θράκης με τις ευλογίες της Ε.Ε. και ότι πρόκειται να δημιουργηθούν εθνικά θέματα και σε άλλες περιοχές της χώρας.
Στις 13 Φεβρουαρίου του 2012 διαγράφηκε οριστικά από το κόμμα της Ν.Δ., μαζί με άλλους 20 βουλευτές, ύστερα από την επιλογή τους να καταψηφίσουν τα μέτρα της νέας δανειακής σύμβασης για την Ελλάδα. Ηταν πλεόν θέμα χρόνου. Στις 24 Φεβρουαρίου 2012, μέσω των προσωπικών του ιστοσελίδων κοινωνικής δικτύωσης, ο κ. Καμμένος ανακοίνωσε την ίδρυση του νέου κόμματος με το όνομα Ανεξάρτητοι Ελληνες, με τις γνωστές -ανέλπιστες- επιδόσεις στις πρόσφατες εκλογές της 6ης Μαίου.
Στόχος του κ. Καμμένου, κατά δήλωσή του, είναι να πρωταγωνιστήσει σε ένα νέο πολιτικό κύκλο που ανοίγει στην Ελλάδα ώστε να επανέλθει η ηθική στην πολιτική και να καταργηθούν τα Μνημόνια των εδώ εντολοδόχων με τους τοκογλύφους τραπεζίτες. Εϊναι ενδεικτικό ότι μετά την φυλάκιση του Ακη Τσοχατζόπουλου ο Πάνος Καμμένος δήλωσε ότι μόλις προχωρήσει το σκάνδαλο των υποβρυχίων θα βγουν πολλά στη φόρα, πρέπει να επεκτείνουν την πτέρυγα του Κορυδαλλού, είναι πάρα πολλοί στην ουρά, ενώ εξαπέλυσε επίθεση κατά των Αντώνη Σαμαρά και Ευάγγελου Βενιζέλου χαρακτηρίζοντάς τους υπαλλήλους της τρόικας που λένε παραμύθια.
Ο πρόεδρος των Ανεξάρτητων Ελλήνων απέρριψε εξαρχής το ενδεχόμενο κυβέρνησης Σαμαρά-Βενιζέλου και προθυμοποιήθηκε να συμπράξει με τον πρόεδρο του ΣΥΡΙΖΑ Αλέξη Τσίπρα στην κυβερνώσα Αριστερά. Εαν εμείς ως Αριστερά καταθέσουμε την πρότασή μας και χρειαζόμαστε πέντε ψήφους του Καμμένου και έρθει να μας τις δώσει ως ανοχή ή ως στήριξη δεν θα τον πετάξουμε, δεν θα πούμε δεν τις θέλουμε, αντιπρότεινε ο κ. Τσίπρας.
Το τελευταίο χτύπημα του κ. Καμμένου κατά του κ. Σαμαρά ήταν η δήλωση που έκανε πρόσφατα μιλώντας σε συνεργάτες του ότι θα συμμετείχε σε κυβέρνηση συνεργασίας με μοναδική προυπόθεση να αποχωρήσει ο Αντώνης Σαμαράς από την προεδρία της Ν.Δ. ! Ο πόλεμος των δύο ανδρών θα έχει προφανώς συνέχεια είτε η χώρα προχωρήσει σε συγκρότηση κυβέρνησης τεχνοκρατών είτε οδηγηθεί άμεσα σε εκλογές.