Έχουν περάσει 15 χρόνια από την ταινία που ανέδειξε για πρώτη φορά τους δύο γραβατωμένους πράκτορες, στα πιο στυλατα ορόσημα του αγώνα κατά του γαλαξιακού εγκλήματος. Το 3 στο τίτλο είναι συμβολικό, υποδηλώνοντας όχι μόνο οτι η ταινία θα είναι σε 3D, αλλα και ότι το αχτύπητο δίδυμο πρόκειται να γίνει «τρίδυμο»
Στο Men In Black 3, οι πράκτορες J (Will Smith) και K (Tommy Lee Jones) βουτάνε πίσω στο χρόνο. Αν και ο J έχει πια μεγάλη εμπειρία σε περίεργες καταστάσεις μετά από τα 15 χρόνια της σταδιοδρομίας του με τους Men In Black, τίποτα, ούτε καν οι εξωγήινοι, δεν τον μπερδεύει τόσο όσο ο κλειστός και καθόλου ομιλητικός συνάδελφος του.
Αλλά όταν η ζωή του K και η μοίρα του πλανήτη κινδυνεύουν, ο πράκτορας J θα πρέπει να ταξιδέψει πίσω στο χρόνο για να σώσει την κατάσταση και να ανακαλύψει ότι υπάρχουν μυστικά στο σύμπαν που ο K δεν του είπε ποτέ. Μυστικά που θα αποκαλυφθούν καθώς συνεργάζεται με τον πράκτορα K στα νιάτα του(Josh Brolin), για να τον σώσει και μαζί του φυσικά το μέλλον όλης της ανθρωπότητας.
Οι μέχρι τώρα ταινίες των Ανδρών με τα Μαύρα, περιστρέφονταν κυρίως γύρω απο την αμφιλεγόμενη και ταυτόχρονα στοργική φιλία του J και του Κ, σύμφωνα με τα λεγόμενα των πρωταγωνιστών.
Αυτό ακριβώς το στοιχείο έρχεται στο προσκήνιο στη καινούρια ταινία, αφου πραγματεύεται την δύναμη και την αρχή της σχέση τους, ανυψώνοντας την ιστορία, και εμβαθύνοντας στους χαρακτήρες και στις αποκαλύψεις.