Χαρακτηριστικά βεντέτας παίρνει η κόντρα του Ευάγγελου Μεϊμαράκη με τον Γιώργο Καρατζαφέρη αναφορικά με το σκάνδαλο των υποβρυχίων. Ο τέως υπουργός Άμυνας επιτέθηκε με σφοδρότητα στον πρόεδρο του ΛΑΟΣ περιγράφοντάς τον ως εκφραστή συμφερόντων που δουλεύουν αντίθετα προς τα συμφέροντα της Ελλάδας. Ο κ. Μεϊμαράκης αναφερόμενος εμμέσως στον κ. Καρατζαφέρη μίλησε για «νονούς, λαμόγια και περιθωριακές δυνάμεις που έχουν δυσανάλογη ως προς τη δύναμή τους, παρέμβαση στο δημόσιο λόγο». Από το περιβάλλον Μεϊμαράκη αφήνουν να διαρρεύσει ότι υπάρχει τηλεοπτικό υλικό(κασέτα) από την επίσκεψη Καρατζαφέρη στον τότε υπουργό Άμυνας, όπου ακούγονται καθαρά όσα λέει και ιδιαιτέρως οι πιέσεις που του ασκεί υπέρ των υποβρυχίων. Δεν είναι τυχαίο ότι ο κ. Μεϊμαράκης πρότεινε μέσω του ραδιοφωνικού σταθμού Real FM τη σύσταση εξεταστικής επιτροπής για να διερευνηθεί ο ρόλος του Γ. Καρατζαφέρη: «Και ο ρόλος του Καρατζαφέρη πρέπει να ελεγχθεί. Γιατί ψήφισε τη παραλαβή και την πώληση των ναυπηγείων; Ποιος είναι ο ρόλος του; Δεν λέω ότι εκτελεί συμβόλαιο. Ερωτήματα βάζω».
Aπό την πλευρά του ο κ. Καρατζαφέρης μιλώντας στο ραδιοσταθμό "9" δήλωσε "τα δύο κόμματα έκαναν μια συμφωνία κάτω από το τραπέζι να τα φορτώσουν όλα στον Άκη". Υποστήριξε ότι αυτό έγινε "για να γλιτώσει το τότε ΚΥΣΕΑ, το οποίο αναφέρεται στην παραγγελία της εισαγγελέως ΣΔΟΕ και στο οποίο συμμετέχει το μισό σημερινό υπουργικό συμβούλιο και δυο πρωθυπουργοί (Σημίτης και Παπανδρέου), και η ΝΔ για να μην ελεγχθεί η περίοδος Σπηλιωτόπουλου και Μεϊμαράκη. Αυτό είναι αισχρό, πρόστυχο και ιταμό".
"Εγώ είπα να ελεγχθεί όλη η περίοδος, από τον Άκη μέχρι σήμερα, τον Βενιζέλο. Τι πιο δημοκρατικό και δίκαιο; Απλώς οι δυο είχανε συμφωνήσει να βγουν έξω όλα τα στελέχη τους και να τα ρίξουν στο πολιτικό "πτώμα". Από που ήμουν λοιπόν "δεκανίκι";", πρόσθεσε ο πρόεδρος του ΛΑΟΣ.
Ο κ Καρατζαφέρης απέδωσε σε αυτή τη συμφωνία και τις εις βάρος του καταγγελίες από τον πρώην υπουργό Ευάγγελο Μεϊμαράκη. "Αυτή η συμφωνία είναι που ενόχλησε και άρχισε ο κ. Μεϊμαράκης να λέει αηδίες και ανοησίες από το πουθενά. Αν ίσχυαν όλα αυτά που είπε χθες τότε γιατί όλο το καλοκαίρι του 2008 που εγώ του έλεγα ότι "θα σε κλείσω φυλακή αν πάρεις μια οβίδα, ένα πυρομαχικό του Leopard, ένα ευρώ ακριβότερο από την Τουρκία", δεν με ξεμπρόστιαζε; Να μου πει: "τι είναι αυτά που λες; χθες δεν μου έλεγες άλλα;". Για όλη την διάρκεια που αναφέρεται ο κ. Μεϊμαράκης έχουμε ερωτήσεις "κεραυνούς". Έχουμε δηλώσεις του τότε εκπροσώπου μας, του κ. Βελόπουλου, που μιλάει εναντίον. Και θέλω να μου πείτε αν όλα αυτά τα χρόνια υπήρξε μια μέρα που ήμουν υπέρ των Γερμανών".