Με μειοψηφία 5 μελών εκφράστηκε η άποψη της Ολομέλειας του ΣτΕ για το θέμα των θρησκευτικών, καθώς όπως έγινε γνωστό, η απόφαση για την αντισυνταγματικότητα της υπουργικής απόφασης του Νίκου Φίλη, ελήφθη με ψήφους 20-5.
Η πλειοψηφία είχε την άποψη ότι με την επίμαχη υπουργική απόφαση επέρχεται ριζική αλλαγή στον χαρακτήρα αλλά και στον τρόπου που επιδιώκεται να διδαχθεί το μάθημα των Θρησκευτικών, με την μειοψηφία ωστόσο να εκφράζει διαφορετική θέση.
Ειδικότερα, οι 5 δικαστές έκριναν ότι το Σύνταγμα και οι διεθνείς συμβάσεις ουδόλως υποχρεώνουν τον νομοθέτη να προσδώσει στο μάθημα των θρησκευτικών κατηχητικό χαρακτήρα, γιατί αυτό θα ισοδυναμούσε όχι με «ανάπτυξη» θρησκευτικής συνείδησης, αλλά με «επιβολή» θρησκευτικής συνείδησης συγκεκριμένου περιεχομένου. Κάτι τέτοιο όμως θα ήταν αντίθετο με τις αρχές της θρησκευτικής ουδετερότητας και της πολυφωνίας που πρέπει να διέπουν την εκπαίδευση που παρέχει το κράτος και θέτει σε κίνδυνο το δικαίωμα του μαθητή να επιλέξει και να διαμορφώσει κριτικά ένα ουσιώδες στοιχείο της προσωπικότητάς του και της αντίληψής του για τον κόσμο και τον άνθρωπο.
Μάλιστα για τους 5, η απόφαση Φίλη συντάσσεται με τους σκοπούς του Κράτους μεταξύ των οποίων είναι και η παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης πολυφωνικής και αξιολογικά ουδέτερης.
Οι 5 δικαστές που μειοψήφησαν είναι η αντιπρόεδρος Σπυριδούλα Χρυσικοπούλου και οι σύμβουλοι Επικρατείας Ιωάννης Μαντζουράνης Θεόδωρος Αραβάνης, Μιχάλης Πικραμένος και Αναστασία-Μαρία Παπαδημητρίου.