Ο πάπας Φραγκίσκος ζήτησε συγχώρεση για τις «αμαρτίες και τα σφάλματα της Εκκλησίας» κατά τη διάρκεια της γενοκτονίας στη Ρουάντα το 1994, σημειώνοντας πως ελπίζει η συγγνώμη του να συμβάλει να επουλωθούν οι πληγές στη χώρα της Αφρικής.
Ομως η κυβέρνηση της Ρουάντας άφησε να γίνει σαφές πως δεν θεωρεί ότι η συγγνώμη αυτή αρκεί, σημειώνοντας ότι η ρωμαιοκαθολική εκκλησία της χώρας αυτής συνέργησε στην προστασία δραστών της γενοκτονίας.
Κατά τη διάρκεια μιας συνάντησης με τον πρόεδρο της Ρουάντας, τον Πολ Καγκάμι, ο προκαθήμενος της ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας αναγνώρισε ότι ιερείς και πιστοί πήραν μέρος στη σφαγή 800.000 μελών της μειονότητας των Τούτσι και μετριοπαθών Χούτου.
Ο πάπας «ζήτησε εκ νέου τη συγχώρεση του θεού για τις αμαρτίες και τις παραλείψεις της Εκκλησίας και των μελών της, ανάμεσά τους ιερέων, ανδρών και γυναικών της πίστης που υπέκυψαν στο μίσος και στη βία», αναφέρει ανακοίνωση του Βατικανού.
Μια ανακοίνωση της κυβέρνησης της Ρουάντας επαναλαμβάνει την κατηγορία περί του ότι η καθολική εκκλησία συνέργησε στις σφαγές.
«Σήμερα, η άρνηση και ο ευτελισμός της γενοκτονίας συνεχίζουν να θάλλουν σε ορισμένους κύκλους εντός της εκκλησίας και ύποπτοι για τη γενοκτονία προστατεύθηκαν (για μην οδηγηθούν σ)τη δικαιοσύνη από καθολικούς θεσμούς», αναφέρεται στην ανακοίνωση.
Ορισμένες από τις χειρότερες σφαγές κατά τη διάρκεια της γενοκτονίας διαπράχθηκαν σε εκκλησίες και ιεραποστολές όπου είχαν προσφύγει Τούτσι.
Το 2006, δικαστήριο του ΟΗΕ επέβαλε σε έναν πρώην καθολικό ιερέα ποινή κάθειρξης 15 ετών διότι έδωσε εντολή μπουλντόζες να ισοπεδώσουν μια εκκλησία με αποτέλεσμα να χάσουν τη ζωή τους οι 2.000 άνθρωποι που κρύβονταν στο εσωτερικό της.
Σύμφωνα με τις αρχές της Ρουάντας πολλοί άλλοι ιερωμένοι που εμπλέκονται στις σφαγές μπόρεσαν να αρχίσουν νέες ζωές στην Ευρώπη υπό την προστασία της ρωμαιοκαθολικής εκκλησίας.
Η ρωμαιοκαθολική εκκλησία της Ρουάντας είχε ζητήσει συγγνώμη πέρυσι αλλά ο Καγκάμι είχε απαιτήσει να ζητήσει συγγνώμη και ο πάπας.