Εντονα ενοχλημένο είναι το Οικουμενικό Πατριαρχείο από την απρόκλητη παρέμβαση της Εκκλησίας της Ρωσίας υπέρ του ηγούμενου Εφραίμ και αυτό εκφράστηκε επισήμως στην απόφαση της Συνόδου του όπου τονίζεται ότι το Αγιο Ορος ανήκει στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου και δεν δικαιολογείται οποιαδήποτε παρέμβαση από άλλη Εκκλησία.
Στη ανακοίνωση προστίθεται πως το γεγονός ότι το Ορος αποτελείται μεν από ορθόδοξους μοναχούς διαφόρων εθνοτήτων «ουδόλως προσδίδει εις αυτό πανορθόδοξον χαρακτήρα επιτρέποντα την οιασδήποτε μορφής επέμβασιν εις αυτό άλλων Αυτοκεφάλων Εκκλησιών».
Οσον αφορά το θέμα της προφυλάκισης του Εφραίμ στο Κορυδαλλό το Πατριαρχείο τονίζει πως κατά την πάγια τακτική του και σεβόμενο την ανεξαρτησία της Δικαιοσύνης αποφεύγει πάντα να αναμειχθεί σε εκκρεμούσες δικαστικές υποθέσεις. Αλλωστε, προσθέτει, αγνοεί το περιεχόμενον της σχετικής δικογραφίας.
Το Νοέμβριο του 2008 το Πατριαρχείο είχε ζητήσει από τον Εφραίμ να αποσυρθεί προσωρινά από τη θέση του ηγουμένου προκειμένου να βοηθήσει στην εκτόνωση της κρίσης. Τότε ο ηγούμενος είχε παραδώσει τα διαχειριστικά και διοικητικά καθήκοντά του στην ηγουμενία (συμβούλιο μοναχών).
Τον περασμένο Μάιο ωστόσο το συμβούλιο των μοναχών είχε ανακοινώσει με επιστολή του στο Πατριαρχείο την απόδοση των διοικητικών και οικονομικών αρμοδιοτήτων και πάλι στον ηγούμενο Εφραίμ με το σκεπτικό ότι «παρά τις έρευνες δεν έχει προκύψει ζήτημα εναντίον του».
Για την απόφαση αυτή τότε το Πατριαρχείο είχε εκφράσει επιφυλάξεις.