Με επιστολή του προς το Μικτό Ορκωτό ΕΦετείο της Λαμίας, ο Αλέξης Κούγιας δηλώνει ότι θα σταματήσει συνεργασία του με τον Ε. Κορκονέα, ειδικό φρουρό και υπαίτιο για τον θάνατο του Αλέξη Γρηγορόπουλου, τον Δεκέμβριο του 2006.
Ο δικηγόρος, εάν και υποστηρίζει ότι ακόμη πιστεύει πως η δολοφονία του 15χρονου Αλέξη δεν έγινε από πρόθεση, εντούτοις διαφωνεί με την στάση που τήρησε ο εντολέας του ενώπιον του δικαστηρίου, μη ζητώντας συγγνώμη για το κακό που έγινε.
Στην επιστολή του ο Α. Κούγιας αναφέρει μεταξύ άλλων:
«Την ανάληψη της υπερασπίσεώς του δέχτηκα παρά το όσα συνέβαιναν στην Αθήνα εκείνες τις ημέρες, διότι μελέτησα την ιατροδικαστική έκθεση, αλλά και τη βαλλιστική εξέταση, και πείστηκα ότι δεν υπερασπίζομαι έναν ψυχρό δολοφόνο, αλλά έναν έντρομο αστυνομικό, ο οποίος πυροβόλησε σε στιγμές πανικού ΨΗΛΑ ΣΤΟΝ ΑΕΡΑ, αφού η εξέταση του βλήματος έδειξε ότι αυτό ήταν λειασμένο (είχε μείνει μισό) από την πρόσκρουση σε οικοδομικό υλικό και, όπως κατέθεσε ο αείμνηστος Προϊστάμενος της ιατροδικαστικής υπηρεσίας Αθηνών, Χρήστος Λευκίδης, η πύλη εισόδου του μισού βλήματος ήταν σε ένα σημείο της ωμοπλάτης και η πορεία του βλήματος ήταν από πάνω προς τα κάτω.
Μεγάλο ρόλο στην απόφασή μου έπαιξε και το σχετικό σχεδιάγραμμα, το οποίο είχε συνταχθεί στην ιατροδικαστική υπηρεσία Αθηνών, το οποίο δεν άφηνε καμία αμφιβολία ότι ο κατηγορούμενος είχε πυροβολήσει ψηλά και το βλήμα είχε προσκρούσει σε οικοδομικό υλικό, είχε εξοστρακιστεί και ακολούθως είχε διαπεράσει το σώμα του αειμνήστου Αλέξανδρου Γρηγορόπουλου και του είχε αφαιρέσει τη ζωή, ΑΡΑ ΚΑΤΑ ΤΗΝ ΤΑΠΕΙΝΗ ΚΡΙΣΗ ΜΟΥ ΕΠΡΟΚΕΙΤΟ ΓΙΑ ΜΙΑ ΚΛΑΣΙΚΗ ΠΕΡΙΠΤΩΣΗ ΑΝΘΡΩΠΟΚΤΟΝΙΑΣ ΕΞ ΑΜΕΛΕΙΑΣ, ή στην ακραία περίπτωση για μία ανθρωποκτονία από ενδεχόμενο δόλο (την οποία άποψη δέχτηκε και η μειοψηφία της Προέδρου , του παλαιότερου Πρωτοδίκη και του ενόρκου της σύνθεσης του πρωτοβάθμιου δικαστηρίου)....Την 23/12/2016 εκκίνησε η διεξαγωγή του Δικαστηρίου ενώπιον Υμών και έκπληκτος, στην κυριολεξία αποσβολωμένος, άκουσα τον κατηγορούμενο να απαντά στην ερώτηση της κας Προέδρου, για το τι έχει να πει για την υπόθεση αυτή και για την κατηγορία που αντιμετωπίζει, ότι είναι αθώος, ότι δεν την δέχεται, αλλά εκτός αυτού «ΟΤΙ ΔΕΝ ΠΡΟΚΕΙΤΑΙ ΝΑ ΖΗΤΗΣΕΙ ΣΥΓΓΝΩΜΗ ΑΠΟ ΚΑΝΕΝΑ ΔΕΚΑΠΕΝΤΑΧΡΟΝΟ». Αμέσως μετά, το Δικαστήριο διέκοψε και αμέσως μετά τη διακοπή μετέβην στο χώρο που κρατείτο ο κατηγορούμενος και τον ρώτησα τι είναι αυτό που είπε και γιατί δεν ζήτησε συγγνώμη, όπως είχε κάνει κατ’ επανάληψη στο προηγούμενο Δικαστήριο και στην προανακριτική και ανακριτική του απολογία, και μου απήντησε ότι έτσι ένιωσε μετά την οκτάχρονη ταλαιπωρία που έχει υποστεί και μού απαγόρευσε να ζητήσω κι εγώ συγγνώμη, γιατί το θύμα δεν ήταν ένα συνηθισμένο δεκαπεντάχρονο αλλά ήταν αντιεξουσιαστής.
Μετά από αυτή την εξέλιξη και επειδή πάντοτε από τότε που βρίσκομαι στα δικαστήρια ο συνήγορος υπεράσπισης πρέπει από τη στιγμή που αναλαμβάνει την υπεράσπιση ενός κατηγορουμένου να ταυτίζεται με αυτόν, αδυνατώ να συνεχίσω την υπεράσπιση του συγκεκριμένου κατηγορουμένου».