Την προσοχή των διευθυντών και των καθηγητών στα σχολεία εφιστά με εγκύκλιό του το Υπουργείο Παιδείας, για τις τιμωρίες που επιβάλλουν στους μαθητές. Οδηγίες για τη διαδικασία επιβολής ποινής αλλαγής σχολικού περιβάλλοντος, δίνονται με εγκύκλιο του υπουργείου Παιδείας. Συγκεκριμένα, επισημαίνεται ότι θα πρέπει να τηρείται η υποχρέωση να υπάρχει ακρόαση του μαθητή και του κηδεμόνα του, αφού όμως θα έχει προηγηθεί έγγραφη ενημέρωσή τους προ πενθημέρου, στην οποία θα αναφέρεται ο τόπος, η ημέρα, η ώρα της ακρόασης και θα προσδιορίζεται το αντικείμενο του μέτρου ή της ενέργειας.
Επίσης σημειώνεται ότι η αλλαγή σχολικού περιβάλλοντος είναι εκτελεστή διοικητική πράξη που υπόκειται στη διαδικασία έκδοσης, όπως προβλέπεται για κάθε διοικητική πράξη. Επομένως οι Σύλλογοι Διδασκόντων πρέπει να είναι ιδιαίτερα προσεκτικοί.
Οι αποφάσεις λαμβάνονται με την απόλυτη πλειοψηφία των παρόντων μελών, αλλά στο πρακτικό θα πρέπει να καταχωρίζονται οι γνώμες και τα ονόματα των μελών που μειοψήφησαν. Δεν επιτρέπεται η λευκή ψήφος, η δήλωση «παρών» ή η αδικαιολόγητη αποχή.
Παράλληλα, θα πρέπει να γίνεται αναλυτική αναφορά στις παιδαγωγικές μεθόδους που χρησιμοποιήθηκαν σε προηγούμενες περιπτώσεις για το συγκεκριμένο μαθητή και αναλυτική αναφορά των κυρώσεων που επιβλήθηκαν πριν την υιοθέτηση της τελευταίας κατά σειρά κύρωσης. Θα πρέπει να τηρείται ειδική και επαρκής αιτιολόγηση ως προς την αναγκαιότητα της ποινής. Σε περίπτωση που με την ίδια απόφαση τιμωρούνται περισσότεροι του ενός μαθητή με την ίδια ποινή, η αιτιολογία θα πρέπει να διαχωρίζεται για τον κάθε μαθητή χωριστά. Επίσης θα πρέπει να αναφέρονται οι λόγοι για τους οποίους εκτιμάται ότι ο συγκεκριμένος μαθητής θα ωφεληθεί από την αλλαγή αυτή.
Ιδιαίτερη αναφορά γίνεται στο ότι η επιβολή της ποινής αλλαγής του σχολικού περιβάλλοντος δεν θα πρέπει να ανακοινώνεται δημόσια, ώστε να αποφεύγεται, μεταξύ άλλων, η διαπόμπευση του μαθητή.
Ο προϊστάμενος ή ο Διευθυντής Εκπαίδευσης επιλέγει τη σχολική μονάδα στην οποία θα γίνει η μετεγγραφή μετά την αλλαγή του σχολικού περιβάλλοντος και η αρμοδιότητά του είναι μόνο εκτελεστή. Θα πρέπει πάντα να λαμβάνεται υπόψη αν λειτουργεί άλλη αντίστοιχη σχολική μονάδα στην περιοχή. Τέλος δεν είναι νόμιμο να επιβάλλει ο Σύλλογος Διδασκόντων τη σχολική κύρωση της αλλαγής σχολικού περιβάλλοντος σε μαθητή του οποίου τη διαγωγή έχει ήδη χαρακτηρίσει ως «κοσμία» και δεν είναι, επίσης, νόμιμο ο ίδιος Σύλλογος να επιβάλλει την ίδια κύρωση για παρεκκλίσεις του μαθητή από την αξιωμένη από το νόμο συμπεριφορά κατά το προηγούμενο σχολικό έτος.