Στάση αναμονής μέχρι την εκδίκαση της υπόθεσης της μονής Βατοπεδίου τηρεί το Πατριαρχείο Μόσχας, που διαμηνύει ότι ελπίζει σε δίκαιη, έντιμη και μη πολιτική δίκη του αρχιμανδρίτη Εφραίμ, τον οποίο θεωρεί αθώο.
Συγκεκριμένα, μιλώντας στην ρωσική τηλεόραση, ο πρωθιερέας Βλαντίμιρ Βιγκιλιάνσκι, διευθυντής της υπηρεσίας Τύπου του Πατριαρχείου Μόσχας, είπε ότι «θα πρέπει να περιμένουμε τη δέουσα δικαστική διαδικασία, τόσο από την πλευρά των κατηγόρων, όσο και από εκείνη της υπεράσπισης του πατέρα Εφραίμ. Και μόνο το δικαστήριο μπορεί να ζυγίσει αυτούς τους ισχυρισμούς. Θα ελπίσουμε ότι αυτό θα είναι δίκαιο, έντιμο δικαστήριο, ότι εκεί δεν θα υπάρχει πολιτική ή αντιχριστιανική διαπλοκή, αλλά μοναδικός στόχος θα είναι να μάθουμε την αλήθεια». Αναφερόμενος στον Εφραίμ, ο Βιγκιλιάνσκι τον χαρακτήρισε «μια από τις προσωπικότητες της Ορθοδοξίας στον πλανήτη με το μεγαλύτερο κύρος», που αντιμετωπίζεται στη Ρωσία με σεβασμό και τιμή, σημειώνοντας ότι η γνώμη αυτή διαμορφώνεται «εξ όσων οι άνθρωποι βλέπουν με τα μάτια τους» και αυτό αφορά και στην ποιμαντική και ιεραποστολική δραστηριότητά του «και στο πώς διατηρεί το μοναστήρι, ποιοι κανονισμοί υπάρχουν εκεί, τί είδους μοναχοί, πώς διεξάγονται οι λειτουργίες».
Ο εκπρόσωπος του Πατριάρχη Κυρίλλου υπενθύμισε ότι «οι κατηγορίες εναντίον του αρχιμανδρίτη Εφραίμ για δήθεν παράνομες συναλλαγές διατυπώνονται από καιρό, ήδη εδώ και μερικά χρόνια» και ενώ εξήγησε ότι για άγνωστες οικονομικές υποθέσεις δεν μπορεί να έχει άποψη, πρόσθεσε ότι όσοι άνθρωποι έχουν συναναστραφεί τον πατέρα Εφραίμ, μεταξύ αυτών και ο ίδιος, που τον έχει γνωρίσει προ πολλού, από τις επισκέψεις στον 'Αθω, «τον αντιμετωπίζουμε με μέγιστο σεβασμό και όλες του οι ενέργειες δείχνουν ότι είναι απίθανο να υπάρξουν κάποια δείγματα πως έπραξε όσα τον κατηγορούν».
Αξίζει να σημειωθεί ότι σε πολλές ρωσικές ιστοσελίδες με ορθόδοξο εκκλησιαστικό περιεχόμενο έχει ξεκινήσει συγκέντρωση υπογραφών κατά της σύλληψης του αρχιμανδρίτη Εφραίμ, ενώ συνεχής είναι η ειδησεογραφική κάλυψη από την Ελλάδα για το θέμα με κεντρικά πρακτορεία ειδήσεων και ΜΜΕ της χώρας να αναφέρονται ακόμη και πολλές φορές την ημέρα στην εξέλιξη της υπόθεσης.
Το κρατικό πρακτορείο ειδήσεων ΡΙΑ-Νόβοστι χαρακτήρισε τον ηγούμενο Εφραίμ «επιφανή παράγοντα της ορθόδοξης Εκκλησίας, γνωστό κήρυκα και έναν από τους πρωταγωνιστές της γενικής ανοικοδόμησης του μοναστηριού του τις τελευταίες δύο δεκαετίες».