Στο Συμβούλιο της Επικρατείας προσέφυγε η Πανελλήνια Ενωση θεολόγων, και δέκα γονείς και θεολόγοι από διάφορες περιοχές της χώρας, ζητώντας να ακυρωθούν οι αποφάσεις του τέως υπουργού Παιδείας Ν. Φίλη.
Ολοι υποστηρίζουν ότι οι επίμαχες υπουργικές αποφάσεις με τις οποίες επέρχεται αλλαγή στο χαρακτήρα και τον τρόπο διδασκαλίας του μαθήματος των θρησκευτικών στο Δημοτικό, Γυμνάσιο και Λύκειο, είναι αντισυνταγματικές, αντίθετες στην Διεθνή Σύμβαση της Ρώμης, παράνομες και αντίθετες στη νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας.
Υποστηρίζουν επίσης, ότι με τις αποφάσεις του κ. Φίλη, πραγματοποιείται μια αλλαγή στο χαρακτήρα του μαθήματος των θρησκευτικών, αλλοιώνοντας «τον από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξο χαρακτήρα του», ενώ αναφέρουν ότι μετατρέπεται ο χαρακτήρας του μαθήματος των θρησκευτικών, από ομολογιακό μάθημα σε μάθημα γνώσεων των θρησκευτικών, ακυρώνοντας ουσιαστικά το αναμφισβήτητο δικαίωμα των γονέων και μαθητών για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης, σύμφωνα με τις δικές τους θρησκευτικές πεποιθήσεις.
Ακόμη, αναφέρουν ότι οι μαθητές στερούνται του συνταγματικού τους δικαιώματος να διδαχθούν αυτούσια την πίστη τους στο σχολείο, δικαίωμα που αντιθέτως απολαμβάνουν οι ετερόθρησκοι και ετερόδοξοι μαθητές, προσθέτουν οι γονείς.
Παράλληλα, οι γονείς υποστηρίζουν ότι παραβιάζονται τα άρθρα 4, 13 και 16 του Συντάγματος, η Διεθνής Σύμβασης της Ρώμης που κατοχυρώνει το ατομικό δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, και οι διατάξεις εκείνες του νόμου 1566/1985 που προβλέπει ότι η ελευθερία της θρησκευτικής συνείδησης είναι απαραβίαστη.
Τέλος, κατά τους προσφεύγοντες, οι επίμαχες υπουργικές αποφάσεις παραβιάζουν τη νομολογία (παλαιότερες αποφάσεις) του Συμβουλίου της Επικρατείας , που έχουν κρίνει ότι μεταξύ των σκοπών της παρεχόμενης στα σχολεία παιδείας, είναι και η ανάπτυξη, σε τουλάχιστον επαρκή βαθμό, της θρησκευτικής συνειδήσεως των Ελλήνων μαθητών, σύμφωνα με τις αρχές του ορθόδοξου χριστιανικού δόγματος και η υποχρεωτική διδασκαλία και παρακολούθηση του μαθήματος από τους μαθητές οι οποίοι ανήκουν στην Ορθόδοξη Χριστιανική Εκκλησία.