Την παραίτησή του από τη θέση του Γ.Γ ανθρωπίνων δικαιωμάτων υπέβαλλε στον υπουργό Σταύρο Κοντονή ο Κωστής Παπαϊωάννου, η οποία έγινε δεκτή από τον νέο υπουργό.
Ο κ. Παπαϊωάννου στην ανακοίνωση του, αφού κάνει μία σύντομη αναφορά στο νομοθετικό έργο που ανέλαβε, σημειώνει ότι κάθε θεσμική υποχώρηση κοστίζει ακριβά, κάνοντας μνεία στις σχέσεις κράτους-Εκκλησίας...
"Υπέβαλα την παραίτησή μου από τη θέση του Γενικού Γραμματέα Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων. Κλείνει ένας κύκλος 20 μηνών. Με τους συνεργάτες μου αναλάβαμε νομοθετικές πρωτοβουλίες και δράσεις για τα ανθρώπινα δικαιώματα και την εξάλειψη των διακρίσεων: νομοθετήσαμε την επέκταση του συμφώνου συμβίωσης σε όλα τα ζευγάρια, ενισχύσαμε την αντιρατσιστική νομοθεσία, αναλάβαμε πρωτοβουλίες για την καταπολέμηση των εγκλημάτων μίσους και του ρατσισμού. Η θέσπιση ανεξάρτητου μηχανισμού διερεύνησης περιστατικών αυθαιρεσίας στα σώματα ασφαλείας και τους υπαλλήλους των φυλακών και η επέκταση της αρχής της ίσης μεταχείρισης βρίσκονται στη Βουλή για ψήφιση. Δουλέψαμε για μια Δικαιοσύνη φιλική προς τα παιδιά. Το νομοσχέδιο για την αναγνώριση ταυτότητας φύλου είναι σχεδόν έτοιμο για δημόσια διαβούλευση. Ευχαριστώ τον Νίκο Παρασκευόπουλο γιατί με τίμησε με την εμπιστοσύνη και την υποστήριξή του. Ευχαριστώ ολόψυχα τους συνεργάτες μου, ήταν τιμή μου που δούλεψα μαζί τους. Εύχομαι ολόψυχα στον νέο Υπουργό καλή επιτυχία στο δύσκολο έργο του. Κλείνω αυτόν τον κύκλο με τη βεβαιότητα πως στη σημερινή συγκυρία κάθε θεσμική υποχώρηση κοστίζει πολύ ακριβά, είτε αφορά στις σχέσεις κράτους και Εκκλησίας είτε στα θεμελιώδη δικαιώματα των προσφύγων. Όμως η προσπάθεια για τη διασφάλιση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων είναι διαρκής. Στην προσπάθεια αυτή θα είμαι παρών".