Θύελλα αντιδράσεων και αποχωρήσεις των κοινοβουλευτικών εκπροσώπων του ΣΥΡΙΖΑ προκάλεσε ο παραλληλισμός του ΣΥΡΙΖΑ με τη Χούντα από τον Σταύρο Θεοδωράκη για τη λειτουργία των ιδιωτικών πανεπιστημίων.
«Μην νομίζετε ότι η άρνηση των μη κρατικών πανεπιστημίων είναι αριστερά. Σας πρόλαβε η Χούντα» είπε ο κ. Θεοδωράκης κατά την προ ημερησίας διατάξεως συζήτηση σε επίπεδο αρχηγών για την Παιδεία προκαλώντας αντιδράσεις.
Τα πνεύματα οξύνθηκαν περισσότερο όταν ο κ. Θεοδωράκης συνέχισε τον παραλληλισμό λέγοντας: «Μόνο οι Χουνταίοι απαγόρευσαν τα ιδιωτικά πανεπιστήμια». Τότε πολλοί βουλευτές του ΣΥΡΙΖΑ σηκώθηκαν όρθιοι και άρχισαν να φωνάζουν «ντροπή» ζητώντας παό τον κ. Θεοδωράκη να ανακαλέσει. «Στέλνετε τα παιδιά σας στα ιδιωτικά» ανταπάντησε ο επικεφαλής του Ποταμιού και τους καταλόγισε υποκρισία.
«Δίνεις εξετάσεις στον Μητσοτάκη» απάντησε εκ νέου στον κ. Θεοδωράκη ο κοινοβουλευτικός εκπρόσωπος του ΣΥΡΙΖΑ, Σωκράτης Φάμελλος. Στη συνέχεια μάλιστα αποχώρησαν και οι τρεις κοινοβουλευτικοί εκπρόσωποι του ΣΥΡΙΖΑ προς ένδειξη διαμαρτυρίας. Παρέμβαση έκανε όμως και το προεδρείο της Βουλής που ζήτησε από τον κ. Θεοδωράκη να σταματήσει τον παραλληλισμό. Ο κ. Θεοδωράκης ήρθε σε έντονη αντιπαράθεση και με τον αναπληρωτή υπουργό Παιδείας Θόδωρο Πελεγρίνη τον οποίο κατηγόρησε για αρνητικές αναφορές στο Ολοκαύτωμα. Ο κ. Πελεγρίνης του καταλόγισε ότι τον κατηγορεί ανεύθυνα και χωρίς να ελέγχει τι έχει ειπωθεί.
Στον κ.Θεοδωράκη απάντησε από έδρας και ο Πρόεδρος της Βουλής Νίκος Βούτσης, υπενθυμίζοντας ότι το 1972 και το 1973 μία από τις θρυαλλίδες του φοιτητικού κινήματος ήταν η αποκάλυψη των σχεδίων της Χούντας για δύο ξενόγλωσσα ιδιωτικά πανεπιστήμια.
Πριν ξεσπάσει η αντιπαράθεση ο κ. Θεοδωράκης είχε ταχθεί υπέρ της αλλαγής του τρόπου διδασκαλίας των Θρησκευτικών αλλά και του διαχωρισμού Εκκλησίας - Κράτους.
«Τα ρολόγια των θρησκευτικών πρέπει να πάνε στο 2016» είπε χαρακτηριστικά ο κ. Θεοδωράκης και σημείωσε ότι δεν είναι δυνατόν το σύγχρονο σχολείο να αφιερώνει περισσότερες ώρες στα Θρησκευτικά από ό,τι στη διδασκαλία των επιστημών. Σημείωσε, μάλιστα, ότι το κατηχητικό στα σχολεία προσβάλλει και την Εκκλησία. Ο κ. Θεοδωράκης πρότεινε, όμως, να γίνει ένα βήμα παραπάνω και να ανοίξει η συζήτηση για τον χωρισμό Εκκλησίας-Κράτους. Να ανοίξει η συζήτηση για τον χωρισμό Κράτους-Εκκλησίας. Κάλεσε μάλιστα τον Αρχιεπίσκοπο Ιερώνυμο «να μη φοβηθεί» το διαχωρισμό.