Αυξάνεται ο ΦΠΑ και στα νησιά που διατηρούν το ειδικό καθεστώς σύμφωνα με την εγκύκλιο της Γενικής Γραμματείας Δημοσίων Εσόδων, με την οποία επιχειρήσεις και επαγγελματίες καλούνται να αναπροσαρμόσουν από την 1η Ιουνίου τους συντελεστές τους.
Σύμφωνα με την εγκύκλιο από την 1η Ιουνίου αυξάνεται ο συντελεστής ΦΠΑ από το 23% στο 25% ενώ στα νησιά του Αιγαίου, για τα οποία δεν καταργείται ακόμη το ειδικό καθεστώς ο βασικός συντελεστής αναπροσαρμόζεται από το 16% στο 17% με δεδομένο ότι προβλέπεται μειωμένος συντελεστής κατά 30% σε σχέση με τον ισχύοντα. Ετσι, αφού αυξάνεται ο συντελεστής στο 24%, τα επιχειρήσεις και επαγγελματίες των νησιών του Αιγαίου με το ειδικό καθεστώς καλούνται να τον αναπροσαρμόσουν κατά μία μονάδα.
Η εγκύκλιος Πιτσιλή ορίζει ότι «για οποιοδήποτε φορολογικό στοιχείο εκδίδεται από την ημερομηνία έναρξης ισχύος των νέων συντελεστών και εφεξής, ο ΦΠΑ θα υπολογίζεται με τους νέους συντελεστές, ανεξάρτητα αν αφορά συναλλαγές που πραγματοποιήθηκαν κατά το προηγούμενο διάστημα».
Επίσης: «Σε πιστωτικά τιμολόγια που εκδίδονται από 1/6/2016 και αφορούν συναλλαγές που πραγματοποιήθηκαν πριν την ημερομηνία αυτή, υπολογίζεται ΦΠΑ με τους νέους συντελεστές. Εφόσον συντρέχει λόγος έκδοσης παραστατικού για την ακύρωση συναλλαγής, (π.χ. λογιστικού σημειώματος, κλπ), πρέπει να αναγράφεται σε αυτό ο ίδιος συντελεστής ΦΠΑ που είχε η αρχική συναλλαγή, ανεξάρτητα της ημερομηνίας έκδοσής του, δεδομένου ότι στην περίπτωση αυτή ακυρώνεται η συναλλαγή στο σύνολό της».