Ανεξαρτητοποιείται η Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων, η οποία θα έχει οικονομική αυτοτέλεια, δεν θα υπόκειται σε ιεραρχικό έλεγχο, ενώ στο συμβούλιο διοίκησης που θα συσταθεί θα μετέχει εμπειρογνώμονας από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή.
Σύμφωνα με το σχέδιο νόμου που παρουσιάζει η εφημερίδα «Καθημερινή», η «Ανεξάρτητη Αρχή Δημοσίων Εσόδων» θα αντικαταστήσει από το 2017 τη Γενική Γραμματεία Δημοσίων Εσόδων και ο επικεφαλής της θα έχει τον τίτλο του διοικητή. Η Αρχή έχει λειτουργική ανεξαρτησία, διοικητική και οικονομική αυτοτέλεια (θα έχει δικό της προϋπολογισμό) και δεν υπόκειται σε έλεγχο από κυβερνητικά όργανα, κρατικούς φορείς ή άλλες διοικητικές αρχές, ενώ ταυτόχρονα δεν υπόκειται και σε ιεραρχικό έλεγχο, δηλαδή από το υπουργείο Οικονομικών. Οργανα διοίκησης της Αρχής αποτελούν το συμβούλιο διοίκησης και ο διοικητής και ένας εμπειρογνώμονας από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Κατά την επιλογή του συμβουλίου διοίκησης θα μετέχουν και δύο στελέχη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.
Ο πρόεδρος, τα μέλη του συμβουλίου διοίκησης, ο εμπειρογνώμονας και ο διοικητής, «κατά την εκτέλεση των καθηκόντων τους, δεσμεύονται μόνο από τον νόμο και τη συνείδησή τους και δεν υπόκεινται σε ιεραρχικό έλεγχο, ούτε σε διοικητική εποπτεία από κυβερνητικά όργανα. Το συμβούλιο απολαμβάνει προσωπική και λειτουργική ανεξαρτησία», όπως αναφέρεται ρητά στο σχέδιο νόμου.
Το μόνο που μπορεί να κάνει ο εκάστοτε υπουργός Οικονομικών είναι να καταθέσει προτάσεις και να δώσει στρατηγικές οδηγίες σχετικά με τον σχεδιασμό για την υλοποίηση της κυβερνητικής πολιτικής. «Οι προτάσεις δεν μπορούν να επεκταθούν σε οργανωτικά και λειτουργικά ζητήματα της Αρχής σε θέματα του προσωπικού αυτής».
Αρμόδιος για το προσωπικό είναι ο διοικητής, ο οποίος μπορεί να προάγει, να μετακινεί ή να κρίνει την επάρκεια ή ανεπάρκεια των υπαλλήλων αυτής. Ενδιαφέρον είναι το άρθρο 5 του νομοσχεδίου, στο οποίο επισημαίνεται ότι «ο υπουργός δεν δύναται για συγκεκριμένες υποθέσεις ή περιπτώσεις να καταθέσει προς την Αρχή αίτημα παροχής πληροφοριών ή να δώσει δεσμευτικές οδηγίες». Σε περίπτωση διαφωνίας του διοικητή με τον υπουργό Οικονομικών σχετικά με την φορολογική πολιτική αναλαμβάνει να δώσει λύση το συμβούλιο διοίκησης.
Η θητεία του διοιηκητή θα είναι πενταετής και θα μπορεί να ανανεώνεται μόνο μία φορά.