Το Συμβούλιο της Επικρατείας με τις υπ΄ αριθμ. 816-820/2016 αποφάσεις του Γ' Τμήματος έκρινε ότι είναι Συνταγματική και νόμιμη αλλά και στο πλαίσιο του δημοσίου συμφέροντος, η αναστολή λειτουργίας των ΔΟΥ Αγίου Κηρύκου Ικαρίας (και Φούρνων), Λήμνου (και Αγίου Ευστρατίου), Κέας και Μήλου.
Ειδικότερα, το 2010 με αποφάσεις του υπουργού Οικονομικών ανεστάλη η λειτουργία των Δ.Ο.Υ.:
α) Αγίου Κηρύκου Ικαρίας (και Φούρνων) και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Σάμου,
β) Λήμνου (και Αγίου Ευστρατίου) και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Μυτιλήνης,
γ) Κέας και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Κορωπίου και
δ) Μήλου Κυκλάδων και μεταφέρθηκαν οι αρμοδιότητες της στην Δ.Ο.Υ. Γ΄ Πειραιά.
Στην συνέχεια, οι Δήμοι Ικαρίας, Φούρνων, Λήμνου, Αγίου Ευστρατίου, Κέας και Μήλου προσέφυγαν στο ΣτΕ ζητώντας να ακυρωθούν οι υπουργικές αποφάσεις με τις οποίες ανεστάλη η λειτουργία των επίμαχων Δ.Ο.Υ. Το Γ΄ Τμήμα του ΣτΕ απέρριψε όλες τις προσφυγές των εν λόγω Δήμων.
Οι σύμβουλοι Επικρατείας επισημαίνουν ότι το άρθρο 101 του Συντάγματος δεν απευθύνει επιταγή στον κοινό νομοθέτη ή στην κανονιστικώς δρώσα διοίκηση για την σύσταση και διατήρηση Δ.Ο.Υ. σε κάθε νησί. Ως εκ τούτου δεν αποκλείεται η διοίκηση συνεκτιμώντας το γενικότερο δημόσιο συμφέρον, να προβή στη συνένωση των Δ.Ο.Υ ορισμένων νησιών με τις Δ.Ο.Υ. γειτονικών νησιών ή ηπειρωτικών περιοχών. Ούτε όμως, η αναστολή λειτουργίας των Δ.Ο.Υ. προσκρούουν στο άρθρο 106 του Συντάγματος που προβλέπει την ισόρροπη οικονομική ανάπτυξη, στο άρθρο 101 του Συντάγματος, στο άρθρο 4 που προστατεύει την αρχή της ισότητας στην κατανομή των δημοσίων βαρών και στο άρθρο 25 του Συντάγματος που καθιερώνει στην αρχή της αναλογικότητας και η αναστολή τους, αποβλέπει στην επίτευξη δημοσίου συμφέροντος.
Ακόμη, έκρινε το ΣτΕ ότι ο υπουργός Οικονομικών για την αναστολή των επίμαχων Δ.Ο.Υ. έλαβε υπόψη του το πόρισμα της επιτροπής για την αναδιοργάνωση των φορολογικών περιφερειακών υπηρεσιών (Μάιος 2011) και το εθνικό υπηρεσιακό πρόγραμμα καταπολέμησης της φοροδιαφυγής 2011-2013 που προβλέπει ότι θα διατηρηθεί μια μόνο Δ.Ο.Υ. στην πρωτεύουσα κάθε νομού.
Ακόμη, αναφέρει το ΣτΕ, ότι η αναστολή λειτουργίας των εν λόγω Δ.Ο.Υ. πραγματοποιείται στο πλαίσιο «ευρύτερης αναδιοργάνωσης των υπηρεσιών του υπουργείου Οικονομικών και ειδικότερα της φορολογικής διοίκησης, της οποίας πρωταρχικός στόχος είναι η δημιουργία ισχυρού και αποτελεσματικού ελεγκτικού και εισπρακτικού μηχανισμού, που θα συμβάλει αποφασιστικά στην καταπολέμηση της φοροδιαφυγής, της παραοικονομίας και της διαφθοράς, καθώς και στην ελαχιστοποίηση του διοικητικού κόστους», αλλά και «στην αύξηση των εσόδων του κρατικού προϋπολογισμού και στην μείωση των ελλειμμάτων και του δημοσίου χρέους».
Όμως, αναφέρουν οι σύμβουλοι Επικρατείας ότι με την αναστολή λειτουργίας των Δ.Ο.Υ. «δεν καθιστά ιδιαιτέρως δυσχερή την εξυπηρέτηση των πολιτών», πολύ περισσότερο όταν υπάρχει το ΤΑΧΙS και τα ΚΕΠΕ. Τέλος, κρίθηκε ότι νόμιμα η αναστολή λειτουργίας των επίμαχων Δ.Ο.Υ, έγινε με υπουργική απόφαση και όχι με Προεδρικό Διάταγμα, όπως υποστήριζαν οι Δήμοι.