Την αντίδραση του Μιλτιάδη Βαρβιτσιώτη προκάλεσαν τα λεγόμενα του Αλέξη Τσίπρα για την υπόθεση Φαρμακονήσι.
Ο πρωθυπουργός, μιλώντας στο Star, ανέφερε ότι από τις προηγούμενες κυβερνήσεις υπήρχε διαφορετική αντιμετώπιση για τα σκάφη που μετέφεραν πρόσφυγες στα ελληνικά νησιά, κάνοντας αναφορά στο Φαρμακονήσι. «Υπάρχει ο φάκελος Φαρμακονήσι, ένας μεγάλος φάκελος, έχει έρθει στη Βουλή. Είναι μία ανοιχτή υπόθεση, δεν θέλω να ξύσω πληγές», είπε ο κ. Τσίπρας, προκαλώντας άμεση αντίδραση του πρώην υπουργού Ναυτιλίας, ο οποίος τον κατηγόρησε ότι ψεύδεται.
«Ο πρωθυπουργός είπε ψέματα πάλι για το Φαρμακονήσι. Η υπόθεση έκλεισε τόσο στην αστική, όσο και στην στρατιωτική δικαιοσύνη», έγραψε αρχικά στον λογαριασμό του στο Twitter ο κ. Βαρβιτσιώτης και πρόσθεσε λίγο αργότερα με νέα ανάρτηση «Η έρευνα για το Φαρμακονήσι ολοκληρώθηκε και αποδόθηκαν ευθύνες μόνο στον Τούρκο διακινητή. Λυπηρό που ο Αλέξης Τσίπρας ψεύδεται».