Ολες οι βιογραφίες του λένε ότι σαν παιδί υπέφερε από άσθμα, ραχίτιδα και ρευματισμούς και αυτό προκάλεσε μια καθυστέρηση στην ανάπτυξη των οστών του.
Σε μια βιογραφία του αναφέρεται ότι ο πατέρας του ήταν Ελληνας και η μητέρα του Γερμανίδα.
Ο πατέρας του ήταν διευθυντής της ομοσπονδίας όλων των αιθουσών γυμναστικής της Ρηνανίας, με την επωνυμία Turnverein. Ο μικρός Ζοζέφ κατόρθωσε να γίνει γυμναστής, ακροβάτης στο τσίρκο, σκιέρ και καθηγητής πολεμικών τεχνών.
Αριστερά ο Πιλάτες σε ηλικία 57 ετών και δεξιά σε ηλικία 82 ετών:
Κατά τη διάρκεια του Α παγκοσμίου Πολέμου φυλακίστηκε σε ένα στρατόπεδο συγκέντρωσης στην Αγγλία, στο νησί Ράιτ. Εκεί είχε την ευκαιρία να κάνει προπόνηση στους συντρόφους του με ασκήσεις στο έδαφος, όπως αυτές που γνωρίζουμε σήμερα σαν Pilates.
Μετά από ένα χρόνο φυλάκισης, μεταφέρθηκε στο νησί Μαν. Εκεί μπόρεσε να τελειοποιήσει τη μέθοδό του, προπονώντας τραυματίες. Κρατούσε τα τραυματισμένα μέλη τους με λουριά και κρίκους δεμένους σε μια σταθερή βάση που την έβαζε πάνω από το κρεβάτι του νοσοκομείου.
Ετσι οι τραυματίες μπορούσαν να ενδυναμώσουν τα μέλη τους χωρίς να προκαλούν προβλήματα στα οστά και τους μύες. Αυτή η εμπειρία χρησίμευσε στον Ζόζεφ Πιλάτες για να καταλήξει στην πρακτική που γνωρίζουμε σήμερα σε όλα τα στούντιο Pilates στον κόσμο. Οσο ήταν φυλακισμένος, οι σύντροφοί του έμαθαν μποξ.
Μετά τον πόλεμο, γύρισε στην πατρίδα του και μαζί με άλλους πρώην φυλακισμένους έφεραν στη Γερμανία το μποξ, το οποίο ήταν απαγορευμένο ως τότε. Ο Πιλάτες δούλεψε σαν προπονητής στην αστυνομία του Βερολίνου. Το 1926 μετανάστευσε στην Αμερική, συγκεκριμένα στη Νέα Υόρκη.
Πάνω στο πλοίο γνώρισε την Κλάρα Ζούενερ, η οποία έγινε σύντροφός του και συνεργάτης του. Ο Πιλάτες είχε παντρευτεί ήδη δύο φορές και ήταν δύο φορές χήρος. Δεν παντρεύτηκε ποτέ την Κλάρα. Στη Νέα Υόρκη δημιούργησε το «The Pilates Universal Gymnasium» στην Ογδοη Λεωφόρο, σε ένα φανταστικό κτίριο, το Van Dyck Studios, όπου ζούσαν πολλοί καλλιτέχνες.
Στα 38 χρόνια καριέρας ο Πιλάτες είχε διάσημους πελάτες: όλη η ελίτ της Νέας Υόρκης, διασημότητες, καλλιτέχνες, βασιλικές οικογένεις πέρασαν από τα χέρια του. Ακόμη και η Μάρθα Γκράχαμ έκανε pilates στο διάσημο στούντιό του.
Ο Πιλάτες πέθανε το 1967 αλλά πρόλαβε να μάθει την τέχνη του σε πολλούς δασκάλους, οι οποίοι εκπαίδευσαν και άλλους με τη σειρά τους. Η μέθοδος Pilates κατόρθωσε να διαδοθεί σε όλο τον κόσμο και να γίνει η αγαπημένη άσκηση εκατομμυρίων ανθρώπων, κυρίως, για τα θεραπευτικά της οφέλη.
Με την σύντροφό του Κλάρα: