Μέσα σε 90 ημέρες από τη υποβολή αίτησης των επιχειρήσεων οι προϊστάμενοι των ΔΟΥ θα πρέπει να καταβάλουν την επιστροφή φόρου εισοδήματος όταν πρόκειται για δηλώσεις που έχουν υποβληθεί από την αρχή του έτους.Αυτό προβλέπεται σε εγκύκλιο της Γενικής Γραμματέως Δημοσίων Εσόδων Κατερίνας Σαβαΐδου με την οποία επιχειρείται να επιταχυνθούν οι διαδικασίες για τις επιστροφές φόρων στις επιχειρήσεις. Σύμφωνα με αυτήν οι προϊστάμενοι των ΔΟΥ υποχρεούνται:
Για δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος που έχουν υποβληθεί μέχρι τις 31/12/2013:
Να πραγματοποιήσουν την επιστροφή συμπεριλαμβανομένων και εκταμίευσης- συμψηφισμού για όσες υποθέσεις δεν απαιτείται έλεγχος, εντός τριάντα ημερών από την παραλαβή του αρχείου και στη συνέχεια να ενημερώσουν τη Δ/νση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, απολογιστικά.
Να διενεργήσουν μερικό έλεγχο (εφόσον απαιτείται) και να ολοκληρώσουν τη διαδικασία επιστροφής ή συμψηφισμού εντός εξήντα (60) ημερών συμπεριλαμβανομένων και εκταμίευσης- συμψηφισμού από την ημερομηνία έκδοσης της εντολής ελέγχου.
Στην περίπτωση που από τον ανωτέρω έλεγχο κριθεί απαραίτητο να διενεργηθεί πλήρης έλεγχος, αυτός ολοκληρώνεται, εκταμιεύεται- συμψηφίζεται εντός τεσσάρων μηνών από την ημερομηνία έκδοσης της εντολής ελέγχου.
Για δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος που υποβάλλονται από 1/1/2014 και εφεξής, να καταβάλουν στους δικαιούχους εντός ενενήντα ημερών από την ημερομηνία υποβολής έγγραφου αιτήματος, το ποσό που απομένει προς επιστροφή μετά τη διενέργεια τυχόν συμψηφισμών με βεβαιωμένες οφειλές αυτών προς τη Φορολογική Διοίκηση.