Ο Νιλ Πάτρικ Χάρις παραδέχθηκε δημόσια ότι είναι ομοφυλόφιλος, το 2006, αλλά ο ίδιος δηλώνει ότι αυτό δεν επηρέασε τις αμέτρητες γυναίκες φαν του. Αυτό αποδεικνύεται με την καυτή, πολύχρωμη φωτογράφηση του σταρ για το περιοδικό Out του Απριλίου.
«Έχω διαπιστώσει ότι πολλά κορίτσια δεν έχουν κανένα πρόβλημα που είμαι γκέι» δήλωσε ο 40χρονος ηθοποιός σε συνέντευξή του στον Ααρον Χικλιν για το περιοδικό Out. «Eξακολουθούν να θέλουν να με παντρευτούν και μου αρέσει αυτό»
Στη συνέντευξή του, ο Χάρις μιλάει επίσης για την επικείμενη επιστροφή του στη σκηνή του Broadway με το ροκ μιούζικαλ «Hedwig και το Angry Inch», στην οποία θα παίξει τον βασικό χαρακτήρα, μια τρανσέξουαλ glam rock τραγουδίστρια από την Ανατολική Γερμανία: «H Hedwig φέρνει πολλά σούπερ ανασφαλή πράγματα μέσα μου. Ποτέ δεν έχω σκεφτεί ότι το drag είναι τόσο υπέροχο και ποτέ δεν είχα φορέσει τακούνια, πραγματικά. Εχω ζήσει όλη μου τη ζωή να προσελκύομαι από την αρρενωπότητα - αυτός είναι ο λόγος που μου αρέσουν οι άνδρες. Δεν είμαι συντηρητικό άτομο και αν πρέπει να γίνω, τότε ξυπνάνε ομοφοβικές ανασφάλειες μέσα μου.»