Το δρόμο για τη φυλακή πήρε ο Σωτήρης Εμμανουήλ, καθώς με σύμφωνη γνώμη ανακριτή και εισαγγελέα κρίθηκε προφυλακιστέος μετά την απολογία του για την υπόθεση των υποβρυχίων.κατηγορείται για δωροδοκία και νομιμοποίηση εσόδων από παράνομη δραστηριότητα, κατηγορίες που αφορούν ποσό 17 εκατομμυρίων ευρώ, τα οποία είχαν φθάσει σε εταιρεία του από τη γερμανική HDW.Ο κ. Εμμανουήλ, ο οποίος υπηρέτησε ως πρόεδρος των Ναυπηγείων Σκαραμαγκά, επί θητείας Ακη Τσοχατζόπουλου στο υπουργείο Εθνικής Αμυνας,
Οι πληροφορίες αναφέρουν ότι ο κατηγορούμενος αρνήθηκε τις πράξεις που του αποδίδονται και υποστήριξε ότι το επίμαχο πόσο αποτελεί νόμιμη αμοιβή από σύμβαση που υπέγραψε με τη γερμανική HDW -ιδιοκτήτρια τότε των Ναυπηγείων- για το μανατζμεντ επί τέσσερα χρονια. Ο κ. Εμμανουήλ φέρεται να υποστήριξε ότι στο ποσό συμπεριλαμβάνεται και 25% επί του τζίρου της γερμανικής εταιρείας, κατασκευάστριας των υποβρυχίων.Την ίδια στιγμή, σύμφωνα με τα όσα υποστήριξε τα χρήματα τα έφερε στην Ελλάδα από το εξωτερικό, όταν τέθηκε σε ισχύ ο ευνοϊκός νόμος Αλογοσκούφη για επαναπατρισμό κεφαλαίων, ότι ελέγχθηκαν από το ΣΔΟΕ και ότι φορολογηθηκε γι αυτά.Φέρεται, επίσης, να ισχυρίζεται ότι κατ΄απαίτηση της εργοδότριάς του γερμανικής εταιρείας, συστήθηκε από αυτόν εταιρεία για την καταβολή των πληρωμών.