Μετά την εισβολή και την προέλαση των γερμανικών στρατευμάτων στην Ελλάδα τον Απρίλιο του 1941, λόγω της παλαιότητάς του, το ΓΕΝ σχεδίαζε να το βυθίσει, αλλά το πλήρωμά του εξεγέρθηκε και με δική του πρωτοβουλία διέφυγε στην Αλεξάνδρεια.Οπως αναφέρει το Onalert το Αβέρωφ ήταν ένα από τα λίγα ελληνικά πλοία που κατάφεραν να φτάσουν σώα στην Αλεξάνδρεια, καθώς τα περισσότερα βυθίστηκαν από τις επιδρομές γερμανικών αεροπλάνων. Κατά την διάρκεια του πολέμου το θωρηκτό έκανε περιπολίες στον Ινδικό Ωκεανό.
Στις 17 Οκτωβρίου του 1944, επικεφαλής για άλλη μια φορά του Στόλου, μετέφερε την τότε ελληνική κυβέρνηση από την εξορία στην απελευθερωμένη Αθήνα, με πλοίαρχο τον μετέπειτα Υπουργό Εμπορικής Ναυτιλίας στις κυβερνήσεις Πέτρου Βούλγαρη, Σπυρίδωνα Μάτεση, ο οποίος υπήρξε και ο τελευταίος πλοίαρχος του Αβέρωφ. Το πλοίο αποσύρθηκε το 1952 και μέχρι το 1983 ήταν αγκυροβολημένο στον Πόρο.
Δείτε το βίντεο ΕΔΩ