Την πρώτη κρίση στη θητεία του ως Ποντίφικας αντιμετωπίζει ο Πάπας Φραγκίσκος ο Α', καθώς ο εξ' απορρήτων του και επικεφαλής της Τράπεζας του Βατικανού Μπατίστα Ρίκα, έχει εμπλακεί σε αρκετά ομοφυλοφιλικά σεξουαλικά σκάνδαλα σύμφωνα με δημοσίευμα ιταλικού περιοδικού.
Ο Ρίκα, ο οποίος θεωρείται από τους βασικούς συνεργάτες του Ποντίφικα, μπορεί να χαίρει της προστασίας του γκέι λόμπι του Βατικανού -την ύπαρξη του οποίου αναγνώρισε πριν από λίγους μήνες ο Φραγκίσκος-, ωστόσο σύμφωνα με τις καταγγελίες του ιταλικού περιοδικού L' Espresso, δεν είναι και υπόδειγμα...αρετής καθώς έχει εμπλακεί σε αρκετά σεξουαλικά σκάνδαλα.
Σύμφωνα με το δημοσίευμα, όλα ξεκίνησαν το 1999, όταν ο Ρίκα έφτασε μετά την θητεία του στη Βέρνη, στο Μοντεβιδέο της Ουρουγουάης. Μαζί του είχε πάρει τον αρχηγό της Ελβετικής φρουράς τον Πατρίκ Χααρί, με τον οποίο σύμφωνα με το L' Espresso ο Ρίκα είχε «στενή σχέση». Στη συνέχεια ο Ρίκα προσπάθησε να «τακτοποιήσει» τον Χααρί σε διάφορες θέσεις, με αποτέλεσμα την επίμονη προσπάθεια του Πολωνού διακόνου Μπόλονεκ να αποχωρήσει ο στενός συνεργάτης του Ρίκα από την θέση του. Ωστόσο δεν το κατάφερε, καθώς σύμφωνα με το άρθρο ο Χααρί είχε υψηλές διασυνδέσεις με το γκέι λόμπι του Βατικανού.
Το δεύτερο σκάνδαλο στο οποίο έχει εμπλακεί ο Ρίκα, ήταν δύο χρόνια αργότερα, όταν ο ιερέας ενεπλάκη σε καβγά σε μπαρ για ομοφυλόφιλους, όπου χτυπήθηκε και τραυματίστηκε, με αποτέλεσμα να αναγκαστεί να ζητήσει την βοήθεια άλλων ιερέων.
Το τρίτο ομοφυλοφιλικό σεξουαλικό σκάνδαλο στο οποίο έχει εμπλακεί ο συνεργάτης του Πάπα, έγινε μόλις λίγους μήνες μετά τον ξυλοδαρμό του. Ο Ρίκα είχε εγκλωβιστεί ένα ολόκληρο βράδυ σε έναν ανελκυστήρα. Αυτό όμως που σόκαρε τους πυροσβέστες που τον απεγκλώβισαν και τους ιερείς που ήταν παρόντες, ήταν πως ο Ρίκα είχε περάσει όλο το βράδυ στο ασανσέρ με έναν νεαρό άνδρα, ο οποίος είναι γνωστός στην Αστυνομία της Ουρουγουάης για τις σεξουαλικές επιχειρήσεις που παρέχει. Το σκάνδαλο αυτό, οδήγησε στην μετάθεση του Ρίκα στο Τρινιντάντ και Τομπάγκο, μέχρι το 2004 όπου επέστρεψε στο Βατικανό. Τότε σύμφωνα με το Εθνος ξέσπασε και νέο σκάνδαλο:
Ο Ρίκα ζήτησε να του επιστραφούν τα μπαούλα που είχε αφήσει στην Ουρουγουάη ως αποστολή με διπλωματικό σάκο, αίτημα το οποίο δεν έγινε δεκτό. Τα μπαούλα, ανοίχθηκαν προκειμένου να καταστραφεί το περιεχόμενο τους και μέσα σε αυτά εντοπίσθηκε ένα πιστόλι, μεγάλη ποσότητα προφυλακτικών, αλλά και πορνογραφικό υλικό, μεταδίδει το Εθνος.
Πάντως μέχρι στιγμής ο Πάπας Φραγκίσκος δεν έχει πάρει κάποια απόφαση για τον Ρίκα, ενώ ο εκπρόσωπος της Αγίας Εδρας Φεντερίκο Λομπάρντι δήλωσε πως το ρεπορτάζ της L' Espresso δεν είναι αξιόπιστο.