Σημαντικά προβλήματα στη λειτουργία του Πανεπιστημίου Αθηνών δημιουργούνται μετά την άρνηση των μελών του Συμβουλίου Διοίκησης του Πανεπιστημίου να εγκρίνουν τους αναπληρωτές πρυτάνεις που όρισε ο πρύτανης Θεοδόσης Πελεγρίνης.
Για το θέμα είχε εκδοθεί γνωμοδότηση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, έπειτα από ερώτημα του κ. Πελεγρίνη, η οποία ανέφερε ότι ο πρύτανης ορίζει, σύμφωνα με τον νόμο, τους αναπληρωτές του και το Συμβούλιο Ιδρύματος ελέγχει μόνο τα θέματα νομιμότητας της επιλογής τους. Αντίστοιχη άποψη εκφράζουν και ανώτατα στελέχη του υπουργείου Παιδείας.
Η γνωμοδότηση αυτή όμως δεν έγινε δεκτή από τα μέλη του Συμβουλίου που αποφάσισαν ότι δεν δέχονται την ερμηνεία, σύμφωνα με την οποία πρέπει να έχουν μόνο τον τυπικό έλεγχο των επιλογών του πρύτανη για τους συνεργάτες του, και κρίνουν ότι πρέπει να έχουν άποψη και επί της ουσίας τους.