Αντιπαράθεση νομικών επιχειρημάτων σημειώθηκε στο Γ' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας, όπου συζητήθηκαν οι αιτήσεις συλλόγων γονέων και κηδεμόνων από διάφορες περιφέρειες της χώρας για την αλλαγή του τρόπου εισαγωγής των μαθητών στα πρότυπα πειραματικά σχολεία.
Οι γονείς και οι μαθητές διαμαρτύρονται γιατί, με τη νέα διάταξη, η εισαγωγή στα πειραματικά σχολεία γίνεται με εξετάσεις (τεστ δεξιοτήτων) και όχι κλήρωση όπως γινόταν μέχρι σήμερα, ενώ και οι μαθητές των πρότυπων δημοτικών θα πρέπει να δώσουν εξετάσεις για να συνεχίσουν στο γυμνάσιο.
Κατά την ακροαματική διαδικασία, αφού ο εισηγητής, πάρεδρος Γ. Ζιάμος, ανέπτυξε τα νομικά προβλήματα που ανακύπτουν, οι δικηγόροι των συλλόγων και των γονέων, Χαρ. Χρυσανθάκης, Φ. Χατζηφώτης και Αντ. Πετρίδης, τόνισαν ότι η επίμαχη απόφαση της Διοικούσας Επιτροπής Πειραματικών Σχολείων είναι ευθέως αντίθετη στη συνταγματική αρχή της δικαιολογημένης εμπιστοσύνης του διοικούμενου, η οποία υποχρεώνει τον νομοθέτη να τηρεί τις δεσμεύσεις που έχει αναλάβει. Και αυτό γιατί οι μαθητές έχουν εισαχθεί στα σχολεία αυτά πριν την ψήφιση του νόμου του Ν. 3966/2011, ο οποίος επέφερε τις αλλαγές στα πρότυπα πειραματικά σχολεία και εύλογα προσδοκούσαν να ολοκληρώσουν τις σπουδές τους στο σχολείο που φοιτούσαν.
Όμως, πρόσθεσαν οι δικηγόροι των γονέων, η απόφαση της Διοικούσας Επιτροπής αιφνιδιάζει όλους τους γονείς, τα παιδιά των οποίων είχαν εγγραφεί στα πειραματικά σχολεία με την πεποίθηση ότι θα αποφοιτούσαν με το προγενέστερο καθεστώς. Με βάση αυτό είχαν οργανώσει τη ζωή τους η οποία ανατρέπεται βιαίως και μάλιστα χωρίς την ύπαρξη μιας ανεκτής μεταβατικής περιόδου.
Ακόμη, οι συνήγοροι των γονέων επεσήμαναν ότι με την επίμαχη απόφαση παραβιάζεται η συνταγματική αρχή της ισότητας και της αναλογικότητας, ενώ, ταυτόχρονα η προσβαλλόμενη απόφαση είναι παράνομη, καθώς δεν δημοσιεύτηκε στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως και ο νόμος 3966/2011 για παρόμοια θέματα προβλέπει την έκδοση υπουργικής απόφασης και όχι την έκδοση απόφασης της Διοικούσας Επιτροπής, όπως έγινε στην προκειμένη περίπτωση.
Οι νομικοί εκπρόσωποι του Δημοσίου, Ηλ. Ψώνης και Ευαγγελία Σκαλτσά, υποστήριξαν ότι η Διοικούσα Επιτροπή Πειραματικών Σχολείων έχει ευρείες αρμοδιότητες, οι οποίες αντλούνται από τον νόμο. Ακόμη, επεσήμαναν ότι η Διοικούσα Επιτροπή έχει, από το νόμο, δικαίωμα να καθορίζει εάν και πότε θα γίνουν οι εξετάσεις των μαθητών.