Την παραίτηση του από τη θέση του Γενικού Γραμματέα Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων ζήτησε από τον Γιάννη Καπελέρη ο προϊστάμενός του υπουργός Οικονομικών, Ευάγγελος Βενιζέλος.
Υπενθυμίζεται ότι κατά του Γιάννη Καπελέρη ασκήθηκε ποινική δίωξη σε βαθμό κακουργήματος μετά από παραγγελία του Οικονομικού Εισαγγελέα κ. Γρηγόρη Πεπόνη, για εγκύκλιο που εξέδωσε σχετικά με τις εγγραφές στο σύστημα "ΗΦΑΙΣΤΟΣ" και τα πρόστιμα σε επιχειρήσεις για λαθρεμπόριο καυσίμων, όπως είχε καταγγείλει ο πρώην γ.γ. Πληροφοριακών Συστημάτων Διομήδης Σπινέλης.
Όπως αναφέρει η ανακοίνωση του υπουργείου Οικονομικών, κατά την τελευταία συνεδρίαση της Εθνικής Επιτροπής κατά της Φοροδιαφυγής, επειδή οι υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων είχαν προτείνει την νομοθετική ρύθμιση του θέματος αυτού, και θεωρώντας ότι δεν σχετίζεται με πράξεις λαθρεμπορίας, ο Υπουργός Οικονομικών είχε ζητήσει από την Γενική Γραμματεία Φορολογικών και Τελωνειακών Θεμάτων - παρουσία του Οικονομικού Εισαγγέλεα κ. Γ. Πεπόνη - να διασταυρώσουν τα στοιχεία με την Ελληνική Αστυνομία και ιδίως την Υποδιεύθυνση Οικονομικού Εγκλήματος και τη Γενική Γραμματεία Εμπορίου, που ασχολούνται επίσης με θέματα λαθρεμπορίας καυσίμων, προκειμένου να μην αφεθεί κανένα απολύτως περιθώριο διαφυγής σε πρατηριούχους καυσίμων που εντάσσονται στο σύστημα "ΗΦΑΙΣΤΟΣ" και εμπλέκονται σε υποθέσεις λαθρεμπορίας καυσίμων.